Rendimento de kvar nukleaj acidaj amplifaj provoj por identigi SARS-COV-2 en Etiopio

Dankon, ke vi vizitis Nature.com. Vi uzas retumilon kun limigita CSS -subteno. Por la plej bona sperto, ni rekomendas ke vi uzu ĝisdatigitan retumilon (aŭ malebligas kongruan reĝimon en Interreta Esplorilo). Krome, por certigi daŭran subtenon, ni montras la retejon sen stiloj kaj ĝavaskripto.
Montras karuselon de tri lumbildoj samtempe. Uzu la antaŭajn kaj sekvajn butonojn por moviĝi tra tri lumbildoj samtempe, aŭ uzi la glitilajn butonojn ĉe la fino por moviĝi tra tri lumbildoj samtempe.
Ekde la ekesto de la koronavirus de 2019 (COVID-19), multaj komercaj nukleaj acidaj amplifaj provoj (NAAToj) disvolviĝis ĉirkaŭ la mondo kaj fariĝis normaj provoj. Kvankam pluraj provoj estis rapide disvolvitaj kaj aplikitaj al laboratoriaj diagnozaj provoj, la agado de ĉi tiuj provoj ne estis taksita en diversaj agordoj. Tial ĉi tiu studo celis taksi la agadon de la testoj de Abbott Sars-Cov-2, Daan, BGI, kaj Sansure Biotech uzante la Komponitan Referencan Normon (CRS). La studo estis farita ĉe la Etiopa Publika Sano -Instituto (EPHI) de 1 ĝis 30 decembro 2020. 164 Nasofaringaj specimenoj estis ĉerpitaj uzante la QIAAMP RNA Mini Kit kaj la ABBOTT DNA -ekzempla sistemo. El 164 specimenoj, 59,1% estis pozitivaj kaj 40,9% estis negativaj por CRS. Sansura bioteknika pozitiveco estis signife malalta kompare al CRS (P <0.05). Sansura bioteknika pozitiveco estis signife malalta kompare al CRS (P <0.05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с crs (p <0,05). La pozitivaj rezultoj de Sansure Biotech estis signife pli malaltaj kompare al CRS (P <0.05).与 CRS 相比 ， sansure biotech 的阳性率显着较低 （P <0.05）。与 CRS 相比 ， sansure biotech 的阳性率显着较低 （P <0.05）。 У sansure biotech ыыло значительно менше положительных результатов по сравнению с crs (p <0,05). Sansure Biotech havis signife malpli da pozitivaj rezultoj kompare al CRS (P <0.05).La ĝenerala interkonsento de la kvar analizoj estis 96.3–100% kompare kun CRS. Krom la malalta pozitiveca indico de la Sansure Biotech -provo, la agado de la kvar provoj estis preskaŭ komparebla. Kiel tia, la Sansure Biotech [Esploro nur (ROO)] testado postulas aldonan validumadon por ĝia uzo en Etiopio. Fine oni devas konsideri aldonan esploradon por taksi provojn kun taŭgaj asertoj de fabrikanto.
Laboratoria testado estas parto de la Strategia Plano de Monda Organizaĵo pri Sano (OMS) por Koronavirus-Malsano 2019 (COVID-19) Preparo kaj Respondeco (SPRP). OMS konsilas, ke landoj bezonas konstrui laboratorian kapablon por plibonigi preparadon, taŭgan kazan administradon, viglecon kaj rapidan respondon al defioj de publika sano. Ĉi tio sugestas, ke la rolo de la laboratorio estas ŝlosila por karakterizi la malsanon kaj epidemiologion de emerĝantaj infektaj agentoj kaj kontroli ilian disvastiĝon.
La diagnozo de COVID-19 postulas epidemiologiajn kaj medicinajn informojn, personajn simptomojn/signojn, kaj radiografiajn kaj laboratoriajn datumojn2. Ĉar la eksplodo de Covid-19 estis raportita en Wuhan, Ĉinio, multaj testoj pri komerca acido pri nukleaj acidoj (NAAToj) disvolviĝis ĉirkaŭ la mondo. Realtempa inversa transskriba polimerasa ĉena reago (RRT-PCR) estis uzata kiel rutina kaj norma metodo por laboratoria diagnozo de severa akra spira sindromo 2 (SARS-COV-2) 3-infekto. Molekula detekto de SARS-COV-2 estas tipe bazita sur la geno N (nukleokapsida proteino), E (koverta proteino-geno), kaj RDRP (RNA-dependa RNA-polimerasa geno) genoj en ORF1A/B (malferma legada kadro 1A/B). Gene) regiono identigita de la viral -genomo. Ili estas konsiderataj kiel la ĉefaj konservitaj regionoj trovitaj en viralaj genomoj por agnosko de virus4. Inter ĉi tiuj genoj, la genoj RDRP kaj E havas altan analizan detektan sentivecon, dum la g -geno havas malaltan analizan sentivecon5.
La agado de PCR -provoj povas varii depende de diversaj faktoroj kiel: eltiraj reagentoj, reaktivoj de amplifado/detekto, eltira metodo, kvalito de la PCR -maŝino kaj aliaj instrumentoj. Aktuale en aprilo 2020, pli ol 48 malsamaj diagnozaj aparatoj el naŭ landoj ricevis kriz-uzan rajtigon (EUA) por COVID-196-diagnozoj. En Etiopio, pli ol 14 realtempaj PCR-platformoj estas uzataj por PCR-detekto de SARS-COV-2 ĉe 26 publikaj sanaj institucioj, inkluzive de ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 kaj Quant-Studio7. Krome, diversaj PCR-testaj kitoj estas haveblaj, kiel Daan Gene-testo, Abbott SARS-COV-2-testo, Sansure Biotech-testo, kaj SARS-COV-2 BGI-testo. Kvankam RRT-PCR estas tre sentema, iuj pacientoj kun COVID-19 raportas falsajn negativajn rezultojn pro nesufiĉaj kopioj de viral ribonuklea acido (RNA) en specimenoj pro malĝusta kolekto, transporto, stokado kaj uzado kaj laboratorio-testado. kondiĉoj kaj agoj de personaro8. Krome, specimeno aŭ kontrolo de misfunkciado, ciklo-sojlo (CT), kaj interkruciĝo kun aliaj patogenaj nukleaj acidoj aŭ neaktivaj/postrestantaj SARS-COV-2-RNA de SARS-COV-2 povas konduki al falsaj pozitivaj rezultoj en RRT-PCR9-provoj. Tiel, estas klare, ke PCR -testoj povas efektive identigi portantojn de genaj fragmentoj, ĉar ili eĉ ne povas distingi inter vere aktivaj viralaj genoj, do la provoj nur povas identigi portantojn kaj ne pacientojn10. Tial gravas taksi diagnozan agadon per normaj metodoj en nia agordo. Kvankam multaj NAAT -reagentoj estas haveblaj ĉe la Etiopa Publika Sano -Instituto (EPHI) kaj tra la lando, neniu kompara taksado de ilia efikeco ankoraŭ estis raportita. Tial ĉi tiu studo celis taksi la komparan agadon de komerce disponeblaj kitoj por la detekto de SARS-COV-2 de RRT-PCR uzante klinikajn specimenojn.
Entute 164 partoprenantoj kun suspektata Covid-19 estis inkluzivitaj en ĉi tiu studo. La plimulto de specimenoj estis de kuracaj centroj (118/164 = 72%), dum la ceteraj 46 (28%) partoprenantoj estis el ne-traktaj centroj. Inter partoprenantoj ne traktitaj en la centro, 15 (9,1%) havis klinike suspektatajn kazojn kaj 31 (18,9%) havis kontaktojn de konfirmitaj kazoj. Naŭdek tri (56.7%) partoprenantoj estis viraj, kaj la meza (± SD) aĝo de la partoprenantoj estis 31.10 (± 11.82) jaroj.
En ĉi tiu studo, pozitivaj kaj negativaj indicoj de kvar provoj por Covid-19 estis determinitaj. Tiel, la pozitivaj indicoj de la provo de Abbott SARS-COV-2, Daan Gene 2019-NCOV-provo, SARS-COV-2 BGI-provo, kaj Sansure Biotech 2019-NCOV-provo estis 59,1%, 58,5%, 57,9% kaj 55,5% respektive. La pozitivaj kaj negativaj kunmetitaj referencaj normaj (CRS) poentaroj estis 97 (59.1%) kaj 67 (40.9%) respektive (Tabelo 1). En ĉi tiu studo, la difino de CRS baziĝis sur la "ia pozitiva" regulo, per kiu el kvar testrezultoj, du aŭ pli testrezultoj, kiuj donis la saman rezulton, estis konsiderataj veraj aŭ negativaj.
En ĉi tiu studo, ni trovis negativan procentan interkonsenton (NPA) de 100% (95% CI 94.6–100) por ĉiuj analizoj kompare kun CRS. La analizo de Sansure Biotechnology montris minimuman PPA de 93,8% (95% CI 87.2-97.1) kaj la Daan Gene 2019-NCOV-analizo havis totalan interkonsenton de 99.4% (95% CI 96.6-99.9). En kontrasto, totala interkonsento inter la SARS-COV-2 BGI-provo kaj la Sansure Biotech 2019-NCOV-provo estis 98.8% kaj 96.3%, respektive (Tabelo 2).
Kappa koeficiento de Cohen inter interkonsento inter CRS kaj Abbott SARS-COV-2-rezultoj estis plene konsekvenca (K = 1,00). Simile, Kappa-valoroj de Cohen detektitaj de Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI, kaj Sansure Biotech 2019-NCOV ankaŭ plene konformas al CRS (K ≥ 0.925). En ĉi tiu kompara analizo, la chi-kvadrata testo (McNemar-testo) montris, ke la rezultoj de Sansure Biotech 2019-NCOV estis signife diferencaj de la CRS-rezultoj (P = 0.031) (Tabelo 2).
Kiel montrite en Fig.1 the percentage of lowest Ct value (< 20 Ct) of Abbott SARS-CoV-2 assay (combined RdRp and N gene) was 87.6% and ORF1a/b gene Ct value of Sansure Biotech 2019-nCoV assay showed that the percentage of low Ct value (< 20 Ct) was 50.3% and the high Ct value (36–40 Ct) was 3.2%. 1 the percentage of lowest Ct value (< 20 Ct) of Abbott SARS-CoV-2 assay (combined RdRp and N gene) was 87.6% and ORF1a/b gene Ct value of Sansure Biotech 2019-nCoV assay showed that the percentage of low Ct value (< 20 Ct) was 50.3% and the high Ct value (36–40 Ct) was 3.2%.Kiel montrite en Fig.1, процент наименшего значения ct (<20 ct) анализа Abbott Sars-cov-2 (комбинирumen Biotekniko 2019-NCOV покзало что процент низкого значения ct (<20 ct) составля 50 (36-ы 30 ct) составляло 3,2%. 1, la procento de la plej malalta CT-valoro (<20 CT) analizo de Abbott SARS-COV-2 (kombinita geno RDRP kaj N) estis 87.6%, kaj la CT-valoro de ORF1A/B-geno-analizo de SANSUR BIOTECH 2019-NCOV montris, ke la procento de CT-malpli ol 36 CT).如图 1 所示 ， Abbott SARS-COV-2 检测 （结合 RDRP 和 N 基因） 的最低 CT 值百分比 （<20 CT） 为 87.6%， SANSUR BIOTECH 2019-NCOV 检测的 ORF1A/B 基因 CT 值显示低 CT 值 (20-43 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 的百分比为 36. Kiel montrite en Figuro 1, la plej malalta CT-valora procento (<20 CT) de Abbott SARS-COV-2-testo (kombinaĵo de RDRP kaj N-geno) estas 87.6%, la ORF1A/B-geno CT-valoro de SANSUR BIOTECH 2019-NCOV-testo montras malaltan CT 值 (<20 CT) 的 procento estas 50.3%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott Sars-cov-2 (сочетающий гены rdrp и n) и сwe п 20 п 20 aŭ пр п aŭ п 20 п20 ct. размере 87,6%, а значение ct гена orf1a/b в исследовании sansure biotech 2019- анализ ncov показал низкий ct. Kiel montrite en Figuro 1, la provo de Abbott SARS-COV-2 (kombinante la genojn RDRP kaj N) havis la plej malaltan procentan CT-valoron (<20 CT) je 87.6%, dum la CT-valoro de la ORF1A/B-geno en la studo de Biotech 2019-la analizo de NCOV montris malaltan CT. Процент значений (<20 ct) составил 50,3%, а процент высоких значений ct (36–40 ct) составил 3.2%. La procento de valoroj (<20 CT) estis 50.3%, kaj la procento de altaj CT -valoroj (36–40 CT) estis 3.2%.La testo Abbott SARS-COV-2 B registris CT-valorojn super 30. Aliflanke, sur la BGI SARS-COV-2-provo ORF1A/B-geno havis altan CT-valoron (> 36 CT) procenton estis 4% (Fig. 1). Aliflanke, sur la BGI SARS-COV-2-provo ORF1A/B-geno havis altan CT-valoron (> 36 CT) procenton estis 4% (Fig. 1). С другой стороны, в анализе bgi sars-cov-2 ген orf1a/b имел высокое значение ct (> 36 ct), пр к к к 1. Aliflanke, en la analizo de BGI SARS-COV-2-geno ORF1A/B havis altan CT-valoron (> 36 CT), kies procento estis 4% (Fig. 1).另一方面 ， 在 bgi sars-cov-2 检测中 ， orf1a/b 基因具有高 ct 值 （> 36 ct） 的百分比为 4%（图 1）。 Aliflanke, en BGI SARS-COV-2-detekto, la procento de ORF1A/B-geno kun alta CT-valoro (> 36 CT) estas 4% (Figuro 1). С другой стороны, в анализе bgi sars-cov-2 процент генов orf1a/b с выокими значениями ct (> 36 ct) со р 1 (р 1). Aliflanke, en la analizo BGI SARS-COV-2, la procento de orf1a/b genoj kun altaj CT-valoroj (> 36 CT) estis 4% (Fig. 1).
En ĉi tiu studo, ni prenis 164 nasofaringajn specimenojn. Por ĉiuj specoj de provoj, RNA -izolado kaj amplifado estis faritaj per la metodoj kaj kitoj rekomenditaj de la respektivaj fabrikantoj.
Ĉi tiu studo pruvis, ke la testo de Abbott por SARS-COV-2 havas la saman detektan rendimenton kiel CRS, kun 100% pozitiva, negativa kaj entuta konkordo. Kappa Interkonsento de Cohen estas 1,00, indikante plenan interkonsenton kun CRS. Simila studo de la Universitato de Vaŝingtono en Usono trovis, ke la totala sentiveco kaj specifeco de la testo de Abbott por SARS-COV-2 estis 93% kaj 100% respektive kompare kun la laboratorio-determinita provo (LDA) de la CDC. 11. La detekto-sistemo Abbott SARS-COV-2 baziĝas sur la samtempa kombinita detekto de la genoj N kaj RDRP, ĉar ambaŭ genoj estas pli sentemaj, minimumigante falsajn negativojn12. Studo en Vieno, Aŭstrio ankaŭ montris, ke grandaj eltiraj specimenaj volumoj kaj detektaj eluentaj volumoj minimumigis diluktajn efikojn kaj pliigitan detektan efikecon13. Tiel, la perfekta matĉo de Abbott por la SARS-COV-2-provo povas esti asociita kun platforma detekto-sistemo, kiu samtempe detektas kombinajn genojn, ĉerpas grandan nombron da specimenoj (0,5 ml), kaj uzas grandan kvanton de eluentulo (40 µL).
Niaj rezultoj ankaŭ montris, ke la detekta agado de la genetika testo de Daan estis preskaŭ la sama kiel tiu de CRS. Ĉi tio konformas al studo14 farita en Universitato Anhui en Huainan, Ĉinio, kaj la aserto de la fabrikanto pri 100% pozitiva interkonsento. Malgraŭ raportoj pri konsekvencaj rezultoj, unu specimeno estis falsa negativo post retestado de la sama eluato, sed estis pozitiva en la testoj de Abbott SARS-COV-2 kaj Sansure Biotech NCOV-2019. Ĉi tio sugestas, ke eble ekzistas varieco en rezultoj tra diversaj specoj de provoj. Tamen, en la studo farita en Ĉinio15, la rezulto de la Daan-gena provo estis signife malsama (P <0.05) kompare kun ilia laboratorio difinita referenca provo. Tamen, en la studo farita en Ĉinio15, la rezulto de la Daan-gena provo estis signife malsama (P <0.05) kompare kun ilia laboratorio difinita referenca provo. Тем не менее, в исследовании, проведенном в китае15, резinda лаораторного эталонного анализа. Tamen, en studo en Ĉinio15, la analizo de Daan Gene estis signife malsama (P <0.05) de ilia laboratoria referenca analizo.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 （P <0.05）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0.05 Однако в исследовании, проведенном к китае15, результаты генетч5 по (0 0,0 по ol по (0 0,0,0 по ol по (0 0,0,0 по ol по (0 0,0,0 по ol по (п 0 (по (p. сравнению с е эталонныы лабораторныы тестом. Tamen, en studo en Ĉinio15, la rezultoj de la genetika testo de Daan estis signife malsamaj (P <0.05) kompare kun ĝia referenca laboratorio -testo.Ĉi tiu diskreteco povas esti pro la sentiveco de la referenca testo por detekti SARS-COV-2, kaj pliaj studoj povas esti gravaj por determini la kaŭzon.
Krome, nia studo taksis la komparan agadon de la SARS-COV-2 BGI-provo kun CRS, montrante bonegan pozitivan procentan interkonsenton (PPA = 97.9%), negativan procentan interkonsenton (NPA = 100%), kaj totalan procentan interkonsenton laŭ sekso (OPA). ). = 98,8%). Kappa valoroj de Cohen montris bonan interkonsenton (K = 0.975). Studoj en Nederlando16 kaj Ĉinio15 montris konsekvencajn rezultojn. La SARS-COV-2 BGI-testo estas ununura geno (ORF1A/B) detekto-testo uzante 10 µL-amplifadon/detekton. Malgraŭ bona statistika interkonsento kun niaj referencaj rezultoj, la analizo maltrafis du pozitivajn specimenojn (1.22%) de la tuta specimeno. Ĉi tio povas havi grandegajn klinikajn implicojn por transdona dinamiko ĉe la paciento kaj komunuma nivelo.
Alia kompara analizo inkluzivita en ĉi tiu studo estis la Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) provo; La totala matĉa procento estis 96.3%. La forto de interkonsento ankaŭ estis determinita de la Kappa valoro de Cohen, kiu estis 0,925, indikante plenan interkonsenton kun la CRS. Denove, niaj rezultoj estas identaj al studoj faritaj ĉe Centra Suda Universitato en Changsha, Ĉinio, kaj ĉe la Klinika Laboratoria Sekcio de Liuzhou -Hospitalo Liuzhou, Ĉinio17. Kvankam la ĉi-supra bona statistika konkordo estis registrita, la chi-kvadrata testo (Macnemar-testo) montris, ke la rezulto de la Sansure Biotech-provo havis statistike signifan diferencon kompare al CRS (P <0.005). Kvankam la ĉi-supra bona statistika konkordo estis registrita, la chi-kvadrata testo (Macnemar-testo) montris, ke la rezulto de la Sansure Biotech-provo havis statistike signifan diferencon kompare al CRS (P <0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий макнемара) показал, что результат анализа sansure biotech ич р с b < 0,005). Kvankam la bona statistika interkonsento supre estis registrita, la chi-kvadrata testo (McNemar-testo) montris, ke la rezulto de la Sansure Biotech-provo havis statistike signifan diferencon kompare kun la CRS (P <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验 （Macnemar 检验） 表明 ， Sansure Biotech 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异 （P <0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（Macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 检测 结果 与 crs 相比 具有 （（p <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。）））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p <0,005) между анализом sansure biotech и crs. Malgraŭ la bona statistika interkonsento menciita supre, la chi-kvadrata testo (McNemar-testo) montris statistike signifan diferencon (p <0,005) inter la Sansure Biotech-provo kaj la CRS.Ses specimenoj (3,66%) estis trovitaj falsaj negativoj kompare kun CRS (Suplementa Tabelo 1); Ĉi tio estas tre grava, precipe konsiderante la dinamikon de transdono de la viruso. La supraj datumoj ankaŭ subtenas ĉi tiun malaltan detektan indicon15.
En ĉi tiu studo, CT-valoroj estis determinitaj por ĉiu provo kaj respektiva platformo, kun la plej malalta meznombro CT-valoro raportita en la provo de Abbott SARS-COV-2. Ĉi tiu rezulto eble rilatas al la samtempa kombinita genetika testosistemo de Abbott por la detekto de SARS-COV-2. Sekve, laŭ Figuro 1, 87,6% de Abbott SARS-COV-2-rezultoj havis CT-valorojn sub 20. Nur malgranda nombro de specimenaj rezultoj (12,4%) estis en la 20-30-gamo. CT -valoroj super 30 ne estis registritaj. Krom la uzo de Abbott de la genetika testformato SARS-COV-2, ĉi tiu rezulto eble rilatas al la pli malalta detekto-limo (32,5 RNA-kopioj/ml) 18, kiu estas trioble malpli ol la pli malalta limo de 100 RNA-kopioj/ml. ML) 19.
Ĉi tiu studo havas iujn limojn: Unue ni ne havas normajn/referencajn metodojn [kiel viralŝarĝo aŭ aliaj laboratoriotestoj (LDA)] pro manko de rimedoj. Due, ĉiuj specimenoj uzataj en ĉi tiu studo estis nasofaringaj ŝvitoj, dum la rezultoj ne aplikeblas al aliaj specimenoj, kaj trie, nia specimeno estis malgranda.
Ĉi tiu studo komparis la agadon de kvar RRT-PCR-provoj por SARS-COV-2 uzante nasofaringajn specimenojn. Ĉiuj detektaj provoj havis preskaŭ kompareblan agadon, krom la Sansure Biotech -provo. Cetere, la malalta pozitiveca indico estis identigita en la Sansure Biotech -provo kompare kun la CRS (P <0.05). Cetere, la malalta pozitiveca indico estis identigita en la Sansure Biotech -provo kompare kun la CRS (P <0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных резульа п). Krome, la Sansure Biotech -testo montris malaltan procenton de pozitivaj rezultoj kompare al CRS (P <0.05).此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。 Кроме того, анее низкий уровень положител результатов п). Krome, la Sansure Biotech -provo havis pli malaltan pozitivecan indicon kompare al CRS (P <0.05).La analizo de Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) de PPA, NPA kaj entuta interkonsento superis 93,5% kun Cohen Kappa-forto de interkonsento valoro de 0,925. Fine, la Sansure Biotech -provo (RUO) bezonas plian validumadon por uzo en Etiopio, kaj aldona esplorado devas esti konsiderata por taksi asertojn de individuaj fabrikantoj.
Kompara studodezajno estis farita ĉe kvar saninstalaĵoj en Addis -Ababa, Eka Kotebe Hospital, Millennium Church Traktado -Centro, Zewooditu Memorial Hospital, kaj St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital. La datumoj estis kolektitaj inter la 1 -a kaj 31 -a de decembro 2020. La medicinaj instalaĵoj por ĉi tiu studo estis intence elektitaj surbaze de ilia alta nombro de kazoj kaj la havebleco de gravaj kuracaj centroj en la urbo. Simile, instrumentoj, inkluzive de la realtempaj PCR-instrumentoj de ABI 7500 kaj Abbott M2000, estis elektitaj laŭ la rekomendoj de la fabrikantoj de NAAT-reagento, kaj kvar PCR-detektaj kitoj estis elektitaj por ĉi tiu studo, ĉar plej multaj laboratorioj en Etiopio uzis almenaŭ almenaŭ kvar el ili. Gene-testo, Abbott SARS-COV-2-testo, sansa bioteknika testo, kaj SARS-COV-2 BGI-testo farita dum la studo).
Testado por SARS-COV-2 estis farita de 1 ĝis 30 decembro 2020 uzante 3 ml da viral-transporta mezumo (VTM) (mirakla teknologio, Shenzhen, Ĉinio) de individuoj enketitaj por Covid-19 aludis EPHI. Nasofaringaj specimenoj estis kolektitaj de trejnitaj specimenaj kolektantoj kaj senditaj al EPHI en trioblaj pakoj. Antaŭ izolado de nukleaj acidoj, al ĉiu specimeno estas asignita unika identiga nombro. Eltiro estas farita el ĉiu specimeno tuj post la alveno per manaj kaj aŭtomataj eltiraj metodoj. Tiel, por la aŭtomata eltiro de Abbott M2000, 1,3 ml (inkluzive de 0,8 ml morta volumo kaj 0,5 ml -eltira enira volumo) de la specimeno estis ĉerpita el ĉiu specimeno kaj trapasita de la ABBOTT -DNA -Specimena Sistemo (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, Usono). ) Grupo de 96 [92 specimenoj, du detektaj kontroloj kaj du ne-ŝablonaj kontroloj (NTC)] estis inkluzivita en la totala procezo (retrovo kaj detekto) de du ĉirkaŭvojoj de SARS-COV-2 (EUA) en reala tempo. minado. Simile, por mana eltiro, uzu la samajn specimenojn (por aŭtomata eltiro kaj malkovro). Tiel, dum la tuta procezo, 140 µL -specimenoj estis alikotitaj kaj ĉerpitaj uzante la Qiaamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen GmbH, Hilden, Germanio) en partoj de 24 (inkluzive de 20 specimenoj, du provaj kontroloj kaj du NTCoj) dum naŭ ĉirkaŭvojoj. Mane ĉerpitaj eluatoj estis amplifitaj kaj detektitaj uzante ABI 7500-termikan ciklon uzante SARS-COV-2 BGI-teston, Daan Gene-teston, kaj Sansure Biotech-teston.
Aŭtomata izolado kaj purigo de SARS-COV-2 viral RNA sekvas la magnetan bidon principon uzante abbott DNA-specimenajn reaktivojn. Senaktivigo de specimenoj kaj solubilizado de viralaj eroj estas efektivigita uzante detergenton enhavantan guanidinan izotiocianaton por denaturi la proteinon kaj senaktivigi RNase. La RNA tiam estas apartigita de la proteino per solida fazo -disiĝo uzante silikon, t.e. la guanidinium -salo kaj la alkala pH de la liza bufro antaŭenigas ligadon de la nukleaj acidoj al la siliko (SiO2). La ŝnura paŝo forigas ceterajn proteinojn kaj forĵetaĵojn por produkti klaran solvon. Travidebla RNA estas izolita de silica-bazitaj mikropartikloj per la magneta kampo20,21 de la instrumento. Aliflanke, mana izolado kaj purigado de RNA estas efektivigita per la spina kolumna metodo uzante centrifugadon anstataŭ magnetan standon kaj apartigon de micropartikloj de la eluento.
La detekto-testo de Abbott Real-Time SARS-COV-2 (Abbott Molecular, Inc.) estis farita laŭ la instrukcioj de la fabrikanto, kiu ricevis EUA19,22 de la OMS kaj FDA. En ĉi tiu protokolo, specimeno -inaktivigo antaŭ eltiro estis farita en akva bano je 56 ° C dum 30 min. Post inaktivigo de viruso, eltiro de nuklea acido estis farita sur ABBOTT M2000 SP -instrumento de 0,5 ml VTM uzante ABBOTT M2000 -DNA -specimenan sistemon. laŭ la fabrikanto. Amplekso kaj detekto estis faritaj uzante ABBOTT M2000 RT-PCR-instrumenton, kaj duobla detekto estis farita por la genoj RDRP kaj N. Rox) kaj Vic P (propra tinkturo) por celado kaj detekto de internaj kontroloj, permesante samtempan detekton de ambaŭ amplifaj produktoj 19.
La metodo de detekto de amplifado de ĉi tiu ilaro baziĝas sur unu-paŝa RT-PCR-teknologio. La genoj ORF1A/B kaj N estis elektitaj kiel konservitaj regionoj per Daan -gena teknologio por detekti celan regionan amplifadon. Specifaj printempoj kaj fluoreskaj sondoj (N-genaj sondoj etikeditaj kun FAM, ORF1A/B-sondoj etikeditaj kun VIC) estis desegnitaj por detekti SARS-COV-2-RNA SARS-COV-2 en specimenoj. La finaj eluentaj kaj majstraj miksaĵoj estis preparitaj aldonante 5 µl da eluent al 20 µL de la majstra miksaĵo al fina volumo de 25 µL. Amplekso kaj detekto estis faritaj samtempe sur ABI 750024 realtempa PCR-instrumento.
La genoj ORF1A/B kaj N estis detektitaj uzante la SANSUR-Biotech NCOV-2019-Nuklean Acidan Diagnozan Kiton (Fluoreska PCR-Detekto). Preparu specifajn sondojn por ĉiu cela geno elektante la FAM -kanalon por la regiono ORF1A/B kaj la ROX -kanalo por la g -geno. Al ĉi tiu provo -ilaro, eluentaj kaj majstraj miksaĵoj estas aldonitaj jene: Preparu 30 µL -majstran miksaĵon kaj 20 µL eluitan specimenon por detekto/amplifado. Realtempa PCR ABI 750025 estis uzata por amplifado/detekto.
La SARS-COV-2 BGI-testo estas fluoreska reala tempo RRT-PCR-ilaro por la diagnozo de COVID-19. La cela regiono situas en la regiono ORF1A/B de la genomo SARS-COV-2, kiu estas ununura gena detekto-metodo. Krome, la homa doma geno β-actino estas interne reguligita cela geno. La majstra miksaĵo estas preparita miksante 20 µL de la reaktiva mastro -miksaĵo kaj 10 µL de la ĉerpita RNA -specimeno en puto -plato26. Fluoreska kvanta realtempa PCR-instrumento de ABI 7500 estis uzata por amplifado kaj detekto. Ĉiuj nukleaj acidaj amplifoj, PCR -funkciaj kondiĉoj por ĉiu provo, kaj interpreto de rezultoj estis faritaj laŭ la instrukcioj de la respektiva fabrikanto (Tabelo 3).
En ĉi tiu kompara analizo, ni ne uzis la referencan norman metodon por determini procentan interkonsenton (pozitivan, negativan kaj entute) kaj aliajn komparajn parametrojn por la kvar analizoj. Ĉiu testo -komparo estis farita kun CRS, en ĉi tiu studo la CRS estis fiksita de la regulo "iu ajn pozitiva" kaj la rezulto estis determinita, ne per ununura provo, ni uzis almenaŭ du kongruajn testrezultojn. Krome, en la kazo de transdono de Covid-19, falsaj negativaj rezultoj estas pli danĝeraj ol falsaj pozitivaj rezultoj. Tial, por diri "pozitiva" kiel eble plej precize el CRS -rezulto, almenaŭ du provaj provoj devas esti pozitivaj, signifante ke almenaŭ unu pozitiva rezulto verŝajne devenas de EUA -provo. Tiel, el kvar testrezultoj, du aŭ pli testrezultoj, kiuj donas la saman rezulton, estas konsiderataj veraj pozitivaj aŭ negativaj18,27.
Datumoj estis kolektitaj uzante strukturitajn datumajn eltirajn formojn, datuma eniro kaj analizo estis faritaj uzante Excel Statistical Programaro kaj SPSS -versio 23.0 por priskribaj statistikoj. Pozitiva, negativa, kaj entuta procenta interkonsento estis analizita, kaj KAPPA -poentaro estis uzata por determini la gradon de interkonsento de ĉiu metodo kun CRS. Kappa valoroj estas interpretitaj jene: 0,01 ĝis 0,20 por milda interkonsento, 0,21 ĝis 0,40 por ĝenerala interkonsento, 0,41-0,60 por modera interkonsento, 0,61-0.80 por grava interkonsento kaj 0.81-0.99 por kompleta interkonsento28.
Etika malleviĝo estis akirita de la Universitato de Addis -Ababa kaj ĉiuj eksperimentaj protokoloj por ĉi tiu studo estis aprobitaj de la Scienca Revizia Estraro pri Etika Revizio pri Etiopa Publika Sano. La referenca numero por la EPHI-Etika Permesilo estas EPHI/IRB-279-2020. Ĉiuj metodoj estis aplikitaj laŭ la rekomendoj kaj provizaĵoj de la etiopaj naciaj ampleksaj gvidlinioj por kuracado de Covid-19. Krome, skriba informita konsento estis akirita de ĉiuj studaj partoprenantoj antaŭ partopreno en la studo.
Ĉiuj datumoj akiritaj aŭ analizitaj en ĉi tiu studo estas inkluzivitaj en ĉi tiu publikigita artikolo. Datumoj subtenantaj la rezultojn de ĉi tiu studo estas haveblaj de la respektiva aŭtoro laŭ akceptebla peto.
Monda Organizaĵo pri Sano. Rekomendoj por Laboratoriaj Testaj Strategioj por COVID-19: Intertempa Gvidado, 21 marto 2020 Ne. WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Smart Diagnozo en la Kriz-Sekcio: Ĉia-en Praktiko. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Smart Diagnozo en la Kriz-Sekcio: Ĉia-en Praktiko.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. kaj Gurgulianis, KI-inteligenta diagnozo de Covid-19 en la kriz-fako: ĉio en la praktiko.Muliou DS, Pantazopoulos I. kaj Gurgulyanis Ki Inteligenta diagnozo de Covid-19 en krizaj fakoj: Fin-al-fina integriĝo en la praktiko. Sperta Reverend Respire. medikamento. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Taksado de la Covid19 -ID nun EUA -provo. Mitchell, SL & St George, K. Taksado de la Covid19 -ID nun EUA -provo.Mitchell, SL kaj Sankta Georgo, K. Taksado de la ID Covid19 nun EUA -provo.Mitchell SL kaj Sankta Georgo K. Taksado de la ID Covid19 nun EUA -provo. J. Klinika. Viruso. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
MONDA ORGANIZAĴO PRI SANO. Laboratoria detekto de koronavirus-malsano 2019 (Covid-19) en suspektata homa malsano. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (alirita 15 aŭgusto 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. Covid-19-Diagnozo: Malsanoj kaj testaj iloj. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Starigo de la Kolegio de Patologioj de Orienta, Centra kaj Suda Afriko - Regiona Lernejo de Patologio de Proksima Oriento kaj Sud -Afriko. Afriko. J. Lab. medikamento. 9 (1), 1-8 (2020).
Etiopa Instituto pri Publika Sano, Federacia Ministerio pri Sano. Provizora nacia strategio kaj gvidado por laboratoria diagnozo de Covid-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratorio_diagnosis_eng.pdf (alirita 12 aŭgusto 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, kiel falsaj negativaj provoj por SARS-CoV-2-infektaj defioj kaj implicoj. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, kiel falsaj negativaj provoj por SARS-CoV-2-infektaj defioj kaj implicoj.Voloshin S., Patel N. kaj Kesselheim kiel falsaj negativaj provoj por SARS-CoV-2-infektoj kaj iliaj konsekvencoj.Voloshin S., Patel N. kaj Kesselheim kiel falsaj negativaj provoj por provoko kaj la efiko de SARS-COV-2-infekto. N. Eng. J. Medicino. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI-falsaj pozitivaj kaj falsaj negativaj Covid-19-kazoj: spiraj preventaj kaj administraj strategioj, vakcinado kaj pliaj perspektivoj. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI-falsaj pozitivaj kaj falsaj negativaj Covid-19-kazoj: spiraj preventaj kaj administraj strategioj, vakcinado kaj pliaj perspektivoj. Mouliou, Ds & Gourgoulianis, Ki ложноположительные и ложноотрицательные се спи кии Sed кии кии кии кии кии кии кии кии кии bu кии кии кии кии кии кии кии кии кии кии кии кии bu кии кии bu кии кии кии кии кии кии кии кии bu кии кии кии кии кии кии кии кии кии кии кии кии кии кии к. вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI falsaj pozitivaj kaj falsaj negativaj kazoj de Covid-19: spiraj preventaj kaj kuracaj strategioj, vakcinado kaj la vojo antaŭen.Muliu, DS kaj Gurgulianis, Ki-falsaj pozitivaj kaj falsaj-negativaj kazoj de Covid-19: Strategioj por spira preventado kaj kuracado, vakcinado kaj la vojo antaŭen. Sperta Reverend Respire. medikamento. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19-Diagnozo en la Kriz-Sekcio: Vidi la arbon sed perdi la arbaron. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19-Diagnozo en la Kriz-Sekcio: Vidi la arbon sed perdi la arbaron.Mouliou, DS, Ioannis, P. kaj Konstantinos, G. Covid-19-Diagnozo en la Kriz-Sekcio: Vidu la arbon, Perdi la Arbaron.Muliou DS, Ioannis P., kaj Konstantinos G. Covid-19 Diagnozo en Krizaj Ĉambroj: Ne Sufiĉa Arbaro por la Arboj. Aperi. medikamento. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validigo kaj validumado de la analiza kaj klinika agado de la ABBOTT RealTime SARS-COV-2-provo. J. Klinika. Viruso. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Komparo Kvin Primer-aroj el malsama genoma regiono de Covid-19 por detekto de virusa infekto per konvencia RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Komparo de kvin printempaj aroj el diversaj genomaj regionoj de Covid-19 por detekto de virusa infekto per konvencia RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neestanaki, D., Fazlalipour, M. kaj Aflatunyan, B. Komparo de kvin aroj de printiloj el diversaj regionoj de la genomo Covid-19 por detekto de vira infekto per konvenciaj RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 rt-pcr 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Komparo de 5 malsamaj genetikaj regionoj de CovID-19 por detekto de virusa infekto per konvencia RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neystanaki D, Fazlalipour M. kaj Aflatunyan B. Komparo de kvin aroj de printiloj el diversaj regionoj de la genomo CovID-19 por detekto de viral infekto per konvencia RT-PCR.Irano. J. Mikrobiologio. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Preparaj rezultoj de la Nacia Ekstera Kvalita Taksa Programo por la detekto de SARS-COV-2-genomaj sekvencoj. J. Klinika. Viruso. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analiza takso de la efikeco de kvin RT-PCR-kitoj por severa akra spira sindromo koronavirus 2. J. Klinika. laboratorio. anuso. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Taksado de sep komerce haveblaj SARS-COV-2 RNA-detektaj kitoj en Ĉinio surbaze de realtempa polimerasa ĉena reago (PCR). Klinika. Kemiaĵo. laboratorio. medikamento. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB et al. Komparo de sep komercaj RT-PCR-COVID-19-diagnozaj kitoj. J. Klinika. Viruso. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Komparo de diagnoza agado de du PCR-kitoj por la detekto de SARS-COV-2-nukleaj acidoj. J. Klinika. laboratorio. anuso. 34 (10), E23554 (2020).
LEFART, PR, ktp. Kompara studo de kvar SARS-COV-2-nukleaj acidaj amplifaj testoj (NAAT) platformoj montris, ke ID nun rendimento estis signife degradita depende de paciento kaj specimeno. Diagnozo. Mikrobiologio. Infekti. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott -molekulo. ABBOTT REAL-TEMPO SARS-COV-2-Analiza Pako-Enmeto. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-desease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Ekde la 10a de aŭgusto 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-COV-2 RNA-izolado uzante magnetajn bidojn por rapida grandskala detekto per RT-QPCR kaj RT-lampo. Viruso 12 (8), 863 (2020).