中文网站
Dankon pro via vizito al Nature.com. Vi uzas retumilan version kun limigita CSS-subteno. Por la plej bona sperto, ni rekomendas, ke vi uzu ĝisdatigitan retumilon (aŭ malŝaltu Kongruecan Reĝimon en Internet Explorer). Krome, por certigi daŭran subtenon, ni montras la retejon sen stiloj kaj JavaScript.
Montras karuselon de tri lumbildoj samtempe. Uzu la butonojn Antaŭa kaj Sekva por moviĝi tra tri lumbildoj samtempe, aŭ uzu la butonojn de la ŝovilo ĉe la fino por moviĝi tra tri lumbildoj samtempe.
Ekde la ekapero de la koronavirusa malsano (COVID-19) en 2019, multaj komercaj nukleaacidaj amplifikaj testoj (NAAToj) estis evoluigitaj tra la mondo kaj fariĝis normaj analizoj. Kvankam pluraj testoj estis rapide evoluigitaj kaj aplikitaj al laboratoriodiagnozaj testoj, la efikeco de ĉi tiuj testoj ne estis taksita en diversaj kontekstoj. Tial, ĉi tiu studo celis taksi la efikecon de la analizoj Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI kaj Sansure Biotech uzante la Komponitan Referencan Normon (CRS). La studo estis farita ĉe la Etiopia Instituto por Publika Sano (EPHI) de la 1a ĝis la 30a de decembro 2020. 164 nazofaringaj specimenoj estis ekstraktitaj uzante la QIAamp RNA mini-ilaron kaj la Abbott DNA-specimenan preparsistemon. El 164 specimenoj, 59.1% estis pozitivaj kaj 40.9% estis negativaj por CRS. La pozitiveco de Sansure Biotech estis signife malalta kompare kun CRS (p < 0,05). La pozitiveco de Sansure Biotech estis signife malalta kompare kun CRS (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). La pozitivaj rezultoj de Sansure Biotech estis signife pli malaltaj kompare kun CRS (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech havis signife malpli da pozitivaj rezultoj kompare kun CRS (p < 0,05).La ĝenerala kongruo de la kvar analizoj estis 96,3–100% kompare kun CRS. Aldone al la malalta pozitiveco-procento de la Sansure Biotech-analizo, la agado de la kvar analizoj estis preskaŭ komparebla. Tial, la Sansure Biotech [Nur por Esplorado (RUO)] analizo postulas plian validigon por sia uzo en Etiopio. Fine, plia esplorado devus esti konsiderata por taksi analizojn kun taŭgaj asertoj de la fabrikanto.
Laboratoria testado estas parto de la Strategia Plano por Preteco kaj Respondo al Koronavirusa Malsano 2019 (COVID-19) de la Monda Organizaĵo pri Sano (MOS). MOS konsilas, ke landoj bezonas konstrui laboratoriokapaciton por plibonigi pretecon, taŭgan kaztraktadon, viglecon kaj rapidan respondon al publiksanaj defioj. Ĉi tio sugestas, ke la rolo de la laboratorio estas ŝlosila por karakterizi la malsanon kaj epidemiologion de emerĝantaj infektaj agentoj kaj kontroli ilian disvastiĝon.
La diagnozo de COVID-19 postulas epidemiologiajn kaj medicinajn informojn, personajn simptomojn/signojn, kaj radiografiajn kaj laboratoriodatumojn2. De kiam la COVID-19-eksplodo estis raportita en Vuhano, Ĉinio, multaj komercaj nukleaacidaj amplifikaj testoj (NAAToj) estis evoluigitaj tra la mondo. Realtempa inversa transskriba polimeraza ĉenreakcio (rRT-PCR) estis uzata kiel rutina kaj norma metodo por laboratoriodiagnozo de severa akuta spira sindromo 2 (SARS-CoV-2)3 infekto. Molekula detekto de SARS-CoV-2 tipe baziĝas sur la genoj N (nukleokapsida proteingeno), E (koverta proteingeno), kaj RdRp (RNA-dependa RNA-polimeraza geno) en la regiono ORF1a/b (malferma legkadro 1a/b) identigita el la virusa genaro. Ili estas konsiderataj la ĉefaj konservitaj regionoj trovitaj en virusaj genaroj por virusrekono4. Inter ĉi tiuj genoj, la genoj RdRp kaj E havas altan analizan detektan sentemon, dum la geno N havas malaltan analizan sentemon5.
La efikeco de PCR-analizoj povas varii depende de diversaj faktoroj, kiel ekzemple: ekstraktaj reakciaĵoj, amplifikaj/detektaj reakciaĵoj, ekstrakta metodo, kvalito de la PCR-maŝino kaj aliaj instrumentoj. Ekde aprilo 2020, pli ol 48 malsamaj diagnozaj aparatoj el naŭ landoj ricevis Kriz-Uzpermeson (EUA) por diagnozoj de COVID-196. En Etiopio, pli ol 14 realtempaj PCR-platformoj estas uzataj por PCR-detekto de SARS-CoV-2 ĉe 26 publiksanaj institucioj, inkluzive de ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 kaj Quant-studio7. Krome, diversaj PCR-testaj ilaroj estas haveblaj, kiel ekzemple la testo Daan Gene, la testo Abbott SARS-CoV-2, la testo Sansure Biotech, kaj la testo SARS-CoV-2 BGI. Kvankam rRT-PCR estas tre sentema, iuj pacientoj kun COVID-19 raportas falsnegativajn rezultojn pro nesufiĉaj kopioj de virusa ribonuklea acido (RNA) en specimenoj pro neĝusta kolektado, transporto, stokado kaj manipulado, kaj laboratoriotestado. kondiĉoj kaj agoj de personaro8. Krome, mismanipulado de specimenoj aŭ kontroloj, agordo de cikla sojlo (Ct), kaj kruc-reaktiveco kun aliaj patogenaj nukleaj acidoj aŭ neaktiva/resta SARS-CoV-2 RNA povas konduki al falspozitivaj rezultoj en rRT-PCR9-analizoj. Tiel, estas klare, ke PCR-testoj efektive povas identigi portantojn de genfragmentoj, ĉar ili eĉ ne povas distingi inter vere aktivaj virusgenoj, do la testoj povas nur identigi portantojn kaj ne pacientojn10. Tial, gravas taksi diagnozan efikecon uzante normajn metodojn en nia konteksto. Kvankam multaj NAAT-reakciaĵoj estas haveblaj ĉe la Etiopia Instituto por Publika Sano (EPHI) kaj tra la tuta lando, neniu kompara taksado de ilia efikeco ankoraŭ estis raportita. Tial, ĉi tiu studo celis taksi la komparan efikecon de komerce haveblaj ilaroj por la detekto de SARS-CoV-2 per rRT-PCR uzante klinikajn specimenojn.
Entute 164 partoprenantoj kun suspekto de COVID-19 estis inkluditaj en ĉi tiu studo. La plimulto de la specimenoj venis de kuraccentroj (118/164 = 72%), dum la ceteraj 46 (28%) partoprenantoj venis de ne-kuraccentroj. Inter partoprenantoj ne traktitaj en la centro, 15 (9.1%) havis klinike suspektitajn kazojn kaj 31 (18.9%) havis kontaktojn de konfirmitaj kazoj. Naŭdek tri (56.7%) partoprenantoj estis viroj, kaj la averaĝa (± SD) aĝo de la partoprenantoj estis 31.10 (± 11.82) jaroj.
En ĉi tiu studo, oni determinis la pozitivajn kaj negativajn procentojn de kvar testoj por COVID-19. Tiel, la pozitivaj procentoj de la Abbott SARS-CoV-2-testo, Daan Gene 2019-nCoV-testo, SARS-CoV-2 BGI-testo, kaj Sansure Biotech 2019-nCoV-testo estis 59.1%, 58.5%, 57.9% kaj 55.5% respektive. La pozitivaj kaj negativaj komponaj referencaj normoj (CRS) poentaroj estis 97 (59.1%) kaj 67 (40.9%), respektive (Tabelo 1). En ĉi tiu studo, la difino de CRS baziĝis sur la regulo "ĉiu pozitiva", laŭ kiu el kvar testrezultoj, du aŭ pli da testrezultoj, kiuj donis la saman rezulton, estis konsiderataj vere pozitivaj aŭ negativaj.
En ĉi tiu studo, ni trovis negativan procentan kongruon (NPA) de 100% (95%-konfidenca intervalo 94.6–100) por ĉiuj analizoj kompare kun CRS. La analizo de Sansure Biotechnology montris minimuman PPA de 93.8% (95%-konfidenca intervalo 87.2-97.1) kaj la analizo de Daan Gene 2019-nCoV havis ĝeneralan kongruon de 99.4% (95%-konfidenca intervalo 96.6-99.9). Kontraste, la ĝenerala kongruo inter la SARS-CoV-2 BGI-analizo kaj la Sansure Biotech 2019-nCoV-analizo estis 98.8% kaj 96.3%, respektive (Tabelo 2).
La kapaa koeficiento de Cohen inter la rezultoj de CRS kaj la Abbott SARS-CoV-2-analizo estis plene kongrua (K = 1.00). Simile, la kapaaj valoroj de Cohen detektitaj per Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI, kaj Sansure Biotech 2019-nCoV ankaŭ estas plene kongruaj kun CRS (K ≥ 0.925). En ĉi tiu kompara analizo, la ĥi-kvadrata testo (McNemar-testo) montris, ke la rezultoj de la Sansure Biotech 2019-nCoV-analizo estis signife malsamaj ol la rezultoj de CRS (p = 0.031) (Tabelo 2).
Kiel montrite en Fig.1 la procento de la plej malalta Ct-valoro (< 20 Ct) de la Abbott SARS-CoV-2-analizo (kombinita RdRp kaj N-geno) estis 87.6% kaj la ORF1a/b-geno Ct-valoro de la Sansure Biotech 2019-nCoV-analizo montris, ke la procento de malalta Ct-valoro (< 20 Ct) estis 50.3% kaj la alta Ct-valoro (36–40 Ct) estis 3.2%. 1 la procento de la plej malalta Ct-valoro (< 20 Ct) de la Abbott SARS-CoV-2-analizo (kombinita RdRp kaj N-geno) estis 87.6% kaj la ORF1a/b-geno Ct-valoro de la Sansure Biotech 2019-nCoV-analizo montris, ke la procento de malalta Ct-valoro (< 20 Ct) estis 50.3% kaj la alta Ct-valoro (36–40 Ct) estis 3.2%.Kiel montrite en Fig.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) 6сл8 и N) значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20%, лста) а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло 3,2%. 1, la procento de la plej malalta Ct-valoro (< 20 Ct) analizo de Abbott SARS-CoV-2 (kombinita geno RdRp kaj N) estis 87.6%, kaj la Ct-valoro de ORF1a/b-geno analizo de Sansure Biotech 2019-nCoV montris, ke la procento de malalta Ct-valoro (< 20 Ct) konsistigis 50.3%, kaj alta Ct (36–40 Ct) 3.2%.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比（< 20%，Sanosur. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50,3%，高Ct 值(36)–40 Ct (36)–40 Ct的百分比为3.2%. Kiel montrite en Figuro 1, la plej malalta procento de Ct-valoro (< 20 Ct) de la testo Abbott SARS-CoV-2 (kombinaĵo de RdRp kaj N-geno) estas 87.6%, la valoro Ct por la ORF1a/b-geno de la testo Sansure Biotech 2019-nCoV montras malaltan procenton de Ct (< 20 Ct) de 50.3%, kaj la procento de Ct (36–40 Ct) de 3.2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое низкое нтрое нпрое Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV покатовании Анализ nCoV покат. Kiel montrite en Figuro 1, la Abbott SARS-CoV-2-analizo (kombinanta la genojn RdRp kaj N) havis la plej malaltan procentan Ct-valoron (< 20 Ct) je 87.6%, dum la Ct-valoro de la ORF1a/b-geno en la studo Sansure Biotech 2019 - La analizo de nCoV montris malaltan Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 50,3%. La procento de valoroj (< 20 Ct) estis 50.3%, kaj la procento de altaj Ct-valoroj (36–40 Ct) estis 3.2%.La testo Abbott SARS-CoV-2 B registris Ct-valorojn super 30. Aliflanke, en la BGI SARS-CoV-2-analizo, la geno ORF1a/b havis altan Ct-valoron (> 36 Ct), la procento de 4% (Fig. 1). Aliflanke, en la BGI SARS-CoV-2-analizo, la geno ORF1a/b havis altan Ct-valoron (> 36 Ct), la procento de 4% (Fig. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент котол 4% (рис. 1). Aliflanke, en la analizo de BGI, la geno ORF1a/b de SARS-CoV-2 havis altan Ct-valoron (> 36 Ct), kies procento estis 4% (Fig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比一分比一帛%（4 Aliflanke, en BGI-detekto de SARS-CoV-2, la procento de ORF1a/b-geno kun alta Ct-valoro (>36 Ct) estas 4% (Figuro 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) сос 1 (>36 Ct) слос1/b). Aliflanke, en la analizo de BGI SARS-CoV-2, la procento de ORF1a/b-genoj kun altaj Ct-valoroj (>36 Ct) estis 4% (Fig. 1).
En ĉi tiu studo, ni prenis 164 nazofaringajn specimenojn. Por ĉiuj specoj de analizoj, RNA-izoligado kaj amplifikado estis faritaj uzante la metodojn kaj ilarojn rekomenditajn de la respektivaj fabrikantoj.
Ĉi tiu studo montris, ke la testo de Abbott por SARS-CoV-2 havas la saman detektan efikecon kiel CRS, kun 100% pozitiva, negativa kaj ĝenerala konkordo. La kappa-kongruo de Cohen estas 1.00, indikante plenan kongruon kun CRS. Simila studo de la Universitato de Vaŝingtonio en Usono trovis, ke la ĝenerala sentemo kaj specifeco de la testo de Abbott por SARS-CoV-2 estis 93% kaj 100%, respektive, kompare kun la laboratorie-determinita analizo (LDA) de la CDC. 11. La detektosistemo de Abbott SARS-CoV-2 baziĝas sur la samtempa kombinita detekto de la genoj N kaj RdRp, ĉar ambaŭ genoj estas pli sentemaj, minimumigante falsajn negativojn12. Studo en Vieno, Aŭstrio, ankaŭ montris, ke grandaj volumoj de ekstraktaj specimenoj kaj volumoj de detekto-eluanto minimumigis diluajn efikojn kaj pliigis detektan efikecon13. Tiel, la perfekta kongruo de Abbott por la SARS-CoV-2-analizo povas esti asociita kun platforma detektosistemo, kiu samtempe detektas kombinecajn genojn, ekstraktas grandan nombron da specimenoj (0.5 ml), kaj uzas grandan kvanton da eluanto (40 µl).
Niaj rezultoj ankaŭ montris, ke la detekto-efikeco de la Daan-genetika testo estis preskaŭ la sama kiel tiu de CRS. Ĉi tio kongruas kun studo14 farita ĉe la Universitato Anhui en Huainan, Ĉinio, kaj la aserto de la fabrikanto pri 100% pozitiva kongruo. Malgraŭ raportoj pri konsekvencaj rezultoj, unu specimeno estis falsnegativa post retestado de la sama eluataĵo, sed estis pozitiva en la testoj Abbott SARS-CoV-2 kaj Sansure Biotech nCoV-2019. Ĉi tio sugestas, ke eble ekzistas ŝanĝiĝemo en rezultoj trans malsamaj specoj de testoj. Tamen, en la studo farita en Ĉinio15, la rezulto de la Daan-gene-analizo estis signife malsama (p < 0,05) kompare kun ilia laboratorie-difinita referenca analizo. Tamen, en la studo farita en Ĉinio15, la rezulto de la Daan-gene-analizo estis signife malsama (p < 0,05) kompare kun ilia laboratorie-difinita referenca analizo. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значителедовании (проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значителедовании, проведенном в Китае15) их лабораторного эталонного анализа. Tamen, en studo en Ĉinio15, la rezulto de la analizo de Daan Gene estis signife malsama (p < 0,05) ol ilia laboratoria referenca analizo.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0.05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значителоp (< 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Tamen, en studo en Ĉinio15, la rezultoj de la genetika testo de Daan estis signife malsamaj (p < 0,05) kompare kun ĝia referenca laboratorio-testo.Ĉi tiu diferenco povas ŝuldiĝi al la sentemo de la referenca testo por detekti SARS-CoV-2, kaj pliaj studoj povas esti gravaj por determini la kaŭzon.
Krome, nia studo taksis la komparan efikecon de la SARS-CoV-2 BGI-testo kun CRS, montrante bonegan pozitivan procentan kongruon (PPA = 97.9%), negativan procentan kongruon (NPA = 100%), kaj ĝeneralan procentan kongruon laŭ sekso (OPA). = 98.8%). La kappa-valoroj de Cohen montris bonan kongruon (K = 0.975). Studoj en Nederlando16 kaj Ĉinio15 montris konsekvencajn rezultojn. La SARS-CoV-2 BGI-testo estas detektotesto por unu sola geno (ORF1a/b) uzante 10 µl da amplifikado/detekta eluato. Malgraŭ bona statistika kongruo kun niaj referencaj rezultoj, la analizo pretervidis du pozitivajn specimenojn (1.22%) de la tuta specimeno. Ĉi tio povas havi grandegajn klinikajn implicojn por la transdondinamiko kaj ĉe la pacienta kaj ĉe la komunuma niveloj.
Alia kompara analizo inkluzivita en ĉi tiu studo estis la Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) provo; la totala kongruoprocento estis 96.3%. La forto de kongruo ankaŭ estis determinita per la kapao de Cohen, kiu estis 0.925, indikante plenan kongruon kun la CRS. Denove, niaj rezultoj estas identaj al studoj faritaj ĉe la Centra Suda Universitato en Ĉangŝa, Ĉinio, kaj ĉe la Klinika Laboratoria Departemento de la Popola Hospitalo Liuzhou, Urbo Liuzhou, Ĉinio17. Kvankam la supre menciita bona statistika konkordo estis registrita, la ĥi-kvadrata testo (MacNemar-testo) montris, ke la rezulto de la Sansure Biotech-analizo havis statistike signifan diferencon kompare kun CRS (p < 0,005). Kvankam la supre menciita bona statistika konkordo estis registrita, la ĥi-kvadrata testo (MacNemar-testo) montris, ke la rezulto de la Sansure Biotech-analizo havis statistike signifan diferencon kompare kun CRS (p < 0,005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое сототировано сототере,тий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически злимарат по сравнению с CRS (p < 0,005). Kvankam la bona statistika kongruo supre estis registrita, la ĥi-kvadrata testo (McNemar-testo) montris, ke la rezulto de la Sansure Biotech-analizo havis statistike signifan diferencon kompare kun la CRS (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）表明，Sansure Biotech 最一暵暞暀方检验（MacNemar相比具有统计学显着差异（p < 0.005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， sansure biotech ， 检验 ，与 crs 相比 具有 显着 （（p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。＼。。）） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий хи-квадратат) (критерий хи-квадратрат) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech kaj CRS. Malgraŭ la bona statistika kongruo menciita supre, la ĥi-kvadrata testo (McNemar-testo) montris statistike signifan diferencon (p < 0,005) inter la Sansure Biotech-analizo kaj la CRS.Ses specimenoj (3,66%) montriĝis falsaj negativaj kompare kun CRS (Aldona Tabelo 1); tio estas tre grava, precipe konsiderante la dinamikon de transdono de la viruso. La supraj datumoj ankaŭ subtenas ĉi tiun malaltan detektoftecon15.
En ĉi tiu studo, Ct-valoroj estis determinitaj por ĉiu analizo kaj respektiva platformo, kun la plej malalta averaĝa Ct-valoro raportita en la analizo de Abbott SARS-CoV-2. Ĉi tiu rezulto eble rilatas al la samtempa kombinita genetika testa sistemo de Abbott por la detekto de SARS-CoV-2. Tial, laŭ Figuro 1, 87.6% de la rezultoj de Abbott SARS-CoV-2 havis Ct-valorojn sub 20. Nur malgranda nombro da specimenaj rezultoj (12.4%) estis en la intervalo 20-30. Ct-valoroj super 30 ne estis registritaj. Aldone al la uzo de Abbott de la panela genetika testa formato por SARS-CoV-2, ĉi tiu rezulto eble rilatas al la pli malalta detektolimo (32.5 RNA-kopioj/ml)18, kiu estas tri fojojn pli malalta ol la pli malalta limo de la kompanio de 100 RNA-kopioj/ml)19.
Ĉi tiu studo havas kelkajn limigojn: unue, ni ne havas normajn/referencajn metodojn [kiel ekzemple virusŝarĝo aŭ aliaj laboratoriotestoj (LDA)] pro manko de rimedoj. Due, ĉiuj specimenoj uzitaj en ĉi tiu studo estis nazofaringaj vatbuloj, dum la rezultoj ne aplikeblis al aliaj specimenspecoj, kaj trie, nia specimenaro estis malgranda.
Ĉi tiu studo komparis la rendimenton de kvar rRT-PCR-analizoj por SARS-CoV-2 uzante nazofaringajn specimenojn. Ĉiuj detektoanalizoj havis preskaŭ kompareblan rendimenton, escepte de la Sansure Biotech-analizo. Krome, la malalta pozitiveco-ofteco estis identigita en la Sansure Biotech-analizo kompare kun la CRS (p < 0,05). Krome, la malalta pozitiveco-ofteco estis identigita en la Sansure Biotech-analizo kompare kun la CRS (p < 0,05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по срав нсний процент положительных результатов по срав нснию по срав нсн5 (CRS). Krome, la testo de Sansure Biotech montris malaltan procenton de pozitivaj rezultoj kompare kun CRS (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по срав не,5 (CRS,5). Krome, la Sansure Biotech-analizo havis pli malaltan pozitivecoftecon kompare kun CRS (p < 0,05).La analizo de Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) pri PPA, NPA kaj ĝenerala kongruo superis 93.5% kun Cohen-Kappa forto de kongrua valoro de 0.925. Fine, la Sansure Biotech Assay (RUO) bezonas plian validigon por uzo en Etiopio, kaj plia esplorado devus esti konsiderata por taksi asertojn de individuaj fabrikantoj.
Kompara studdezajno estis efektivigita ĉe kvar saninstalaĵoj en Adis-Abebo: la Hospitalo Eka Kotebe, la Kuraccentro Millennium Church, la Memorial Hospitalo Zewooditu, kaj la Specialista Hospitalo pri Tuberkulozo St. Peter. La datumoj estis kolektitaj inter la 1-a kaj 31-a de decembro 2020. La medicinaj instalaĵoj por ĉi tiu studo estis intence elektitaj surbaze de ilia alta nombro da kazoj kaj la havebleco de gravaj kuraccentroj en la urbo. Simile, instrumentoj, inkluzive de la realtempaj PCR-instrumentoj ABI 7500 kaj Abbott m2000, estis elektitaj laŭ la rekomendoj de la fabrikantoj de NAAT-reakciiloj, kaj kvar PCR-detektaj ilaroj estis elektitaj por ĉi tiu studo, ĉar la plej multaj laboratorioj en Etiopio uzis almenaŭ kvar el ili. Gena testo, Abbott SARS-CoV-2 testo, Sansure Biotech testo, kaj SARS-CoV-2 BGI testo faritaj dum la studo.
Testado por SARS-CoV-2 estis farita de la 1a ĝis la 30a de decembro 2020 uzante 3 ml da Virustransporta Medio (VTM) (Miraclean Technology, Ŝenĵeno, Ĉinio) de individuoj sub esploro pri COVID-19 plusenditaj al EPHI. Nazofaringaj specimenoj estis kolektitaj de trejnitaj specimenkolektantoj kaj senditaj al EPHI en trioblaj pakaĵoj. Antaŭ nukleaacida izolado, al ĉiu specimeno estas asignita unika identignumero. Ekstraktado estas farita el ĉiu specimeno tuj post alveno uzante manajn kaj aŭtomatajn ekstraktajn metodojn. Tiel, por la aŭtomata ekstraktado de Abbott m2000, 1.3 ml (inkluzive de 0.8 ml da morta volumeno kaj 0.5 ml da ekstrakta enira volumeno) de la specimeno estis ekstraktita el ĉiu specimeno kaj pasigita tra la Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, Usono). Aro de 96 [92 specimenoj, du detektaj kontroloj kaj du ne-ŝablonaj kontroloj (NTC)] estis inkluzivita en la ĝenerala procezo (repreno kaj detekto) de du raŭndoj de SARS-CoV-2 (EUA) en reala tempo. minado. Simile, por mana ekstraktado, uzu la samajn specimenojn (por aŭtomata ekstraktado kaj malkovro). Tiel, dum la tuta procezo, 140 µl specimenoj estis alikvotitaj kaj ekstraktitaj uzante la QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Germanio) en aroj de 24 (inkluzive de 20 specimenoj, du analizaj kontroloj kaj du NTC-oj) dum naŭ raŭndoj. Mane ekstraktitaj eluatoj estis amplifitaj kaj detektitaj uzante ABI 7500 termociklilon uzante SARS-CoV-2 BGI-analizon, Daan Gene-analizon kaj Sansure Biotech-analizon.
Aŭtomata izolado kaj purigo de SARS-CoV-2 virusa RNA sekvas la principon de magnetaj globetoj uzante reakciilojn por preparado de DNA-specimenoj de Abbott. Malaktivigo de specimenoj kaj solubiligo de viruspartikloj estas efektivigitaj uzante lesivon enhavantan guanidin-izotiocianaton por denaturigi la proteinon kaj malaktivigi RNazon. La RNA estas poste apartigita de la proteino per solida faza apartigo uzante silikoksidon, t.e., la guanidinia salo kaj la alkala pH de la liza bufro antaŭenigas la ligadon de la nukleaj acidoj al la silikoksido (SiO2). La ellava paŝo forigas restantajn proteinojn kaj derompaĵojn por produkti klaran solvaĵon. Travidebla RNA estas izolita de silikoksid-bazitaj mikropartikloj uzante la magnetan kampon de la instrumento20,21. Aliflanke, mana izolado kaj purigo de RNA estas efektivigitaj per la spinkolona metodo uzante centrifugadon anstataŭ magneta stativo kaj apartigon de mikropartikloj de la eluanto.
La Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Detection Test (Abbott Molecular, Inc.) estis efektivigita laŭ la instrukcioj de la fabrikanto, kiu ricevis EUA19,22 de la Monda Organizaĵo pri Sano (MOS) kaj FDA. En ĉi tiu protokolo, specimena inaktivigo antaŭ ekstraktado estis efektivigita en akvobano je 56 °C dum 30 minutoj. Post virusa inaktivigo, nukleaacida ekstraktado estis efektivigita per Abbott m2000 SP-instrumento el 0.5 ml da VTM uzante Abbott m2000 DNA-specimenan preparsistemon, laŭ la fabrikanto. Amplifikado kaj detekto estis efektivigitaj per Abbott m2000 RT-PCR-instrumento, kaj duobla detekto estis efektivigita por la genoj RdRp kaj N. ROX) kaj VIC P (proprieta tinkturfarbo) por celado kaj detekto de internaj kontroloj, permesante samtempan detekton de ambaŭ amplifikaj produktoj 19.
La metodo de amplifikado por detekti la amplifikadon de ĉi tiu ilaro baziĝas sur unu-paŝa RT-PCR-teknologio. La genoj ORF1a/b kaj N estis elektitaj kiel konservitaj regionoj fare de Daan Gene Technology por detekti la amplifikadon de la cela regiono. Specifaj komenciloj kaj fluoreskaj sondiloj (genaj sondiloj N markitaj per FAM, sondiloj ORF1a/b markitaj per VIC) estis desegnitaj por detekti RNA-on de SARS-CoV-2 en specimenoj. La fina eluanto kaj la majstraj miksaĵoj estis preparitaj per aldono de 5 µl da eluanto al 20 µl de la majstra miksaĵo ĝis fina volumeno de 25 µl. Amplifikado kaj detekto estis faritaj samtempe per realtempa PCR-instrumento ABI 750024.
La ORF1a/b kaj N genoj estis detektitaj uzante la Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (fluoreska PCR-detekto). Preparu specifajn sondilojn por ĉiu cela geno elektante la FAM-kanalon por la ORF1a/b-regiono kaj la ROX-kanalon por la N-geno. Al ĉi tiu analizkompleto, eluanto kaj majstraj miksaĵaj reakciiloj estas aldonitaj jene: preparu 30 µl da majstra miksaĵa reakciilo kaj 20 µl da eluita specimeno por detekto/amplifikado. Realtempa PCR ABI 750025 estis uzita por amplifikado/detekto.
La SARS-CoV-2 BGI-testo estas fluoreska realtempa rRT-PCR-ilaro por la diagnozo de COVID-19. La cela regiono situas en la ORF1a/b-regiono de la SARS-CoV-2-genaro, kio estas unu-gena detektometodo. Krome, la homa mastruma geno β-aktino estas interne reguligita cela geno. La majstra miksaĵo estas preparita miksante 20 µl de la majstra miksaĵa reakciilo kaj 10 µl de la ekstraktita RNA-specimeno en putplato26. ABI 7500 fluoreska kvanta realtempa PCR-instrumento estis uzata por amplifikado kaj detekto. Ĉiuj nukleacidaj amplifikadoj, PCR-kondiĉoj por ĉiu analizo, kaj interpreto de rezultoj estis faritaj laŭ la instrukcioj de la respektivaj fabrikantoj (Tabelo 3).
En ĉi tiu kompara analizo, ni ne uzis la referencan normmetodon por determini la procentan kongruon (pozitivan, negativan kaj ĝeneralan) kaj aliajn komparajn parametrojn por la kvar analizoj. Ĉiu komparo de testoj estis farita per KRS (Kritika Sendependeco de Testo), en ĉi tiu studo la KRS estis difinita per la regulo "ĉiu pozitiva" kaj la rezulto estis determinita, ne per ununura testo, ni uzis almenaŭ du kongruajn testrezultojn. Krome, en la kazo de COVID-19-transdono, falsnegativaj rezultoj estas pli danĝeraj ol falspozitivaj rezultoj. Tial, por diri "pozitiva" kiel eble plej precize el KRS-rezulto, almenaŭ du testoj devas esti pozitivaj, kio signifas, ke almenaŭ unu pozitiva rezulto verŝajne venos de EUA-analizo. Tiel, el kvar testrezultoj, du aŭ pli da testrezultoj, kiuj donas la saman rezulton, estas konsiderataj veraj pozitivaj aŭ negativaj18,27.
Datumoj estis kolektitaj per strukturitaj daten-ekstraktaj formularoj, datenenigo kaj analizo estis faritaj per la statistika programaro Excel kaj SPSS versio 23.0 por priskribaj statistikoj. Pozitiva, negativa kaj ĝenerala procenta kongruo estis analizitaj, kaj Kappa-poentaro estis uzita por determini la gradon de kongruo de ĉiu metodo kun CRS. Kappa-valoroj estas interpretitaj jene: 0,01 ĝis 0,20 por milda kongruo, 0,21 ĝis 0,40 por ĝenerala kongruo, 0,41-0,60 por modera kongruo, 0,61-0,80 por grava kongruo kaj 0,81-0,99 por kompleta kongruo28.
Etika aprobo estis akirita de la Universitato de Adis-Abebo kaj ĉiuj eksperimentaj protokoloj por ĉi tiu studo estis aprobitaj de la Scienca Etika Revizia Komitato de la Etiopa Publika Saninstituto. La referencnumero por la EPHI-Etika Permesilo estas EPHI/IRB-279-2020. Ĉiuj metodoj estis aplikitaj laŭ la rekomendoj kaj provizaĵoj de la Etiopaj Naciaj Ampleksaj Gvidlinioj por la Traktado de COVID-19. Krome, skriba informita konsento estis akirita de ĉiuj studpartoprenantoj antaŭ partopreno en la studo.
Ĉiuj datumoj akiritaj aŭ analizitaj en ĉi tiu studo estas inkluzivitaj en ĉi tiu publikigita artikolo. Datumoj subtenantaj la rezultojn de ĉi tiu studo estas haveblaj de la respektiva aŭtoro laŭ racia peto.
Monda Organizaĵo pri Sano. Rekomendoj por Laboratoriaj Testaj Strategioj por COVID-19: Provizora Gvidlinio, 21-a de marto 2020 N-ro WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Inteligenta diagnozo de COVID-19 en la Urĝejo: Ĉio en Praktiko. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI Inteligenta diagnozo de COVID-19 en la Urĝejo: Ĉio en Praktiko.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. kaj Gurgulianis, KI Inteligenta diagnozo de COVID-19 en la urĝejo: ĉio en praktiko.Muliou DS, Pantazopoulos I. kaj Gurgulyanis KI Inteligenta diagnozo de COVID-19 en urĝejoj: kompleta integriĝo en praktiko. Fakulo Reverendo Respire. medicino. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Takso de la COVID19 ID NOW EUA-analizo. Mitchell, SL & St George, K. Takso de la COVID19 ID NOW EUA-analizo.Mitchell, SL kaj St. George, K. Takso de la COVID19 ID NOW EUA-analizo.Mitchell SL kaj St. George K. Takso de la COVID19 ID NOW EUA-analizo. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
Monda Sanorganizo (MOS). Laboratoria detekto de koronavirusa malsano 2019 (COVID-19) en suspektita homa malsano. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (alirita la 15an de aŭgusto 2020) (MOS, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnozo de COVID-19: Malsanoj kaj Testiloj. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Establado de la Kolegio de Patologoj de Orienta, Centra kaj Suda Afriko - Regiona Lernejo de Patologio de la Mezoriento kaj Suda Afriko. Afriko. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Etiopia Instituto de Publika Sano, Federacia Ministerio pri Sano. Provizora Nacia Strategio kaj Gvidlinioj por Laboratoria Diagnozo de COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (alirita la 12an de aŭgusto 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falsnegativaj testoj por SARS-CoV-2-infektaj defioj kaj implicoj. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falsnegativaj testoj por SARS-CoV-2-infektaj defioj kaj implicoj.Voloshin S., Patel N. kaj Kesselheim AS Falsnegativaj testoj por SARS-CoV-2-infektoj kaj iliaj sekvoj.Voloshin S., Patel N. kaj Kesselheim AS Falsnegativaj testoj por provoko kaj la efiko de SARS-CoV-2-infekto. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falspozitivaj kaj falsnegativaj COVID-19 kazoj: Spiraj preventaj kaj administradaj strategioj, vakcinado kaj pliaj perspektivoj. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falspozitivaj kaj falsnegativaj COVID-19 kazoj: Spiraj preventaj kaj administradaj strategioj, vakcinado kaj pliaj perspektivoj. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная птросгительные лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falspozitivaj kaj falsnegativaj kazoj de COVID-19: spiraj preventaj kaj kuracaj strategioj, vakcinado kaj la vojo antaŭen.Muliu, DS kaj Gurgulianis, KI Falspozitivaj kaj falsnegativaj kazoj de COVID-19: strategioj por spira preventado kaj kuracado, vakcinado kaj la vojo antaŭen. Fakulo Reverend Respire. medicino. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnozo de COVID-19 en la urĝejo: Vidante la arbon sed perdante la arbaron. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Diagnozo de COVID-19 en la urĝejo: Vidante la arbon sed perdante la arbaron.Mouliou, DS, Ioannis, P. kaj Konstantinos, G. Diagnozo de COVID-19 en la Urĝejo: Vidu la Arbon, Perdu la Arbaron.Muliou DS, Ioannis P., kaj Konstantinos G. Diagnozo de COVID-19 en Akutejoj: Ne Sufiĉe da Arbaro por la Arboj. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validigo kaj validigo de la analiza kaj klinika elfaro de la Abbott RealTime SARS-CoV-2-analizo. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Komparo de kvin aroj de komenciloj el malsamaj genomaj regionoj de COVID-19 por detekto de virusa infekto per konvencia RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Komparo de kvin aroj de komenciloj el malsamaj genomaj regionoj de COVID-19 por detekto de virusa infekto per konvencia RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. kaj Aflatunyan, B. Komparo de kvin aroj de komenciloj el malsamaj regionoj de la COVID-19-genaro por detekto de virusinfekto per konvencia RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Komparo de 5 malsamaj genetikaj regionoj de COVID-19 por detekto de virusinfekto per konvencia RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. kaj Aflatunyan B. Komparo de kvin aroj da komenciloj el malsamaj regionoj de la COVID-19-genaro por detekto de virusa infekto per konvencia RT-PCR.Irano. J. Mikrobiologio. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Preparaj rezultoj de la nacia ekstera kvalittaksa programo por la detekto de SARS-CoV-2 genomaj sekvencoj. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analiza Takso de la Efikeco de Kvin RT-PCR-Kompletoj por Severa Akuta Spira Sindromo Koronaviruso 2. J. Clinical. laboratorio. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Takso de sep komerce haveblaj SARS-CoV-2 RNA-detektaj ilaroj en Ĉinio bazitaj sur realtempa polimeraza ĉenreakcio (PCR). klinika. kemia. laboratorio. medicino. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Komparo de sep komercaj RT-PCR COVID-19 diagnozaj ilaroj. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Komparo de diagnoza efikeco de du PCR-kompletoj por la detekto de SARS-CoV-2 nukleaj acidoj. J. Clinical. laboratorium. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, ktp. Kompara studo de kvar platformoj por testado de nukleaacida amplifikado (NAAT) de SARS-CoV-2 montris, ke la efikeco de ID NOW signife degradiĝis depende de la paciento kaj la specimena tipo. diagnozo. mikrobiologio. Infect. diss. 99(1), 115200 (2021).
Molekulo de Abbott. Pakaĵinformo pri realtempa analizo de SARS-CoV-2 de Abbott. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Je la 10-a de aŭgusto 2020) (2020).
Klein, S. et al. RNA-izoligado de SARS-CoV-2 uzante magnetajn globetojn por rapida grandskala detekto per RT-qPCR kaj RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).
Afiŝtempo: Dec-08-2022
Privatecaj agordoj