Elfaro de kvar nukleaacidaj plifortigaj provoj por identigi SARS-CoV-2 en Etiopio

Dankon pro vizito de Nature.com.Vi uzas retumilon kun limigita CSS-subteno.Por la plej bona sperto, ni rekomendas, ke vi uzu ĝisdatigitan retumilon (aŭ malŝaltu Kongruo-Reĝimon en Internet Explorer).Krome, por certigi daŭran subtenon, ni montras la retejon sen stiloj kaj JavaScript.
Montras karuselon de tri diapozitivoj samtempe.Uzu la butonojn Antaŭa kaj Sekva por moviĝi tra tri diapozitivoj samtempe, aŭ uzu la glitilbutonojn ĉe la fino por moviĝi tra tri diapozitivoj samtempe.
Ekde la epidemio de koronavirus-malsano (COVID-19) en 2019, multaj komercaj testoj pri plifortigo de nukleaj acidaj (NAAT) estis evoluigitaj tra la mondo kaj fariĝis normaj analizoj.Kvankam pluraj testoj estis rapide evoluigitaj kaj aplikitaj al laboratoriaj diagnozaj testoj, la agado de ĉi tiuj testoj ne estis taksita en diversaj agordoj.Tial ĉi tiu studo celis taksi la agadon de la provoj de Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI kaj Sansure Biotech uzante la Composite Reference Standard (CRS).La studo estis farita ĉe la Etiopa Publika Sano-Instituto (EPHI) de la 1-a ĝis la 30-a de decembro 2020. 164 nazofaringaj specimenoj estis ĉerpitaj per la QIAamp RNA-mini-kompleto kaj la Abbott DNA-prova sistemo de preparado.De 164 specimenoj, 59.1% estis pozitivaj kaj 40.9% estis negativaj por CRS. Sansure Biotech pozitiveco estis signife malalta kompare kun CRS (p <0.05). Sansure Biotech pozitiveco estis signife malalta kompare kun CRS (p <0.05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). La pozitivaj rezultoj de Sansure Biotech estis signife pli malaltaj kompare kun CRS (p <0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）。 У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech havis signife malpli da pozitivaj rezultoj kompare kun CRS (p <0.05).La ĝenerala interkonsento de la kvar analizoj estis 96.3-100% kompare kun CRS.Aldone al la malalta pozitiveco de la Sansure Biotech-analizo, la agado de la kvar provoj estis preskaŭ komparebla.Kiel tia, la Sansure Biotech [Research Only (RUO)] analizo postulas kroman validumon por ĝia uzo en Etiopio.Fine, plia esplorado devus esti konsiderata por taksi provojn kun taŭgaj asertoj de fabrikanto.
Laboratorio-testado estas parto de la Strategia Plano por Koronavirus-Malsano 2019 (COVID-19) Preparado kaj Respondo (SPRP) de la Monda Organizo pri Sano (OMS).OMS konsilas, ke landoj devas konstrui laboratoriokapaciton por plibonigi pretecon, taŭgan administradon de kazoj, viglecon kaj rapidan respondon al popolsanaj defioj.Ĉi tio sugestas, ke la rolo de la laboratorio estas ŝlosilo por karakterizi la malsanon kaj epidemiologion de emerĝantaj infektaj agentoj kaj kontroli ilian disvastiĝon.
La diagnozo de COVID-19 postulas epidemiologiajn kaj medicinajn informojn, personajn simptomojn/signojn, kaj radiografiajn kaj laboratoriajn datumojn2.De kiam la epidemio de COVID-19 estis raportita en Vuhano, Ĉinio, multaj komercaj testoj pri plifortigo de nukleaj acidaj (NAAT) estis evoluigitaj tra la mondo.Realtempa inversa transskriba polimera ĉena reago (rRT-PCR) estis uzata kiel rutina kaj norma metodo por laboratoria diagnozo de severa akra spira sindromo 2 (SARS-CoV-2)3 infekto.Molekula detekto de SARS-CoV-2 estas tipe bazita sur la genoj N (nukleokapsidproteinogeno), E (koverta proteina geno), kaj RdRp (RNA-dependa RNA-polimerazogeno) en ORF1a/b (malferma legadkadro 1a/b) .geno) regiono identigita de la virusgenaro.Ili estas konsideritaj kiel la ĉefaj konservitaj regionoj trovitaj en virusgenaroj por virusrekono4.Inter tiuj genoj, la RdRp kaj E-genoj havas altan analizan detektan sentemon, dum la N-geno havas malaltan analizan sentemon5.
La agado de PCR-analizoj povas varii depende de diversaj faktoroj kiel ekzemple: eltiraj reakciiloj, plifortigaj/detektaj reakciiloj, eltira metodo, kvalito de la PCR-maŝino kaj aliaj instrumentoj.Ĝis aprilo 2020, pli ol 48 malsamaj diagnozaj aparatoj de naŭ landoj ricevis Kriz-Uzo-Abonon (EUA) por COVID-196-diagnozo.En Etiopio, pli ol 14 realtempaj PCR-platformoj estas uzataj por PCR-detekto de SARS-CoV-2 ĉe 26 publikaj sanaj institucioj, inkluzive de ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 kaj Quant-studio7.Krome, diversaj PCR-testiloj haveblas, kiel Daan Gene-testo, Abbott SARS-CoV-2-testo, Sansure Biotech-testo kaj SARS-CoV-2 BGI-testo.Kvankam rRT-PCR estas tre sentema, iuj pacientoj kun COVID-19 raportas malverajn negativajn rezultojn pro nesufiĉaj kopioj de virusribonukleata acido (RNA) en specimenoj pro nedeca kolekto, transporto, stokado kaj manipulado, kaj laboratoriotestado.kondiĉoj kaj agoj de dungitaro8.Krome, specimeno aŭ kontrola mistraktado, cikla sojlo (Ct) agordo kaj kruc-reaktiveco kun aliaj patogenaj nukleaj acidoj aŭ neaktiva/restanta SARS-CoV-2 RNA povas konduki al malveraj pozitivaj rezultoj en rRT-PCR9-analizoj.Tiel, estas klare, ke PCR-testoj ja povas identigi portantojn de genfragmentoj, ĉar ili eĉ ne povas distingi inter vere aktivaj virusgenoj, do la testoj povas nur identigi portantojn kaj ne pacientojn10.Tial, estas grave taksi diagnozan rendimenton uzante normajn metodojn en nia medio.Kvankam multaj NAAT-reakciiloj estas haveblaj ĉe la Etiopa Public Health Institute (EPHI) kaj ĉie en la lando, neniu kompara taksado de ilia efikeco ankoraŭ estis raportita.Tial ĉi tiu studo celis taksi la komparan agadon de komerce haveblaj ilaroj por la detekto de SARS-CoV-2 per rRT-PCR uzante klinikajn specimenojn.
Entute 164 partoprenantoj kun suspektata COVID-19 estis inkluditaj en ĉi tiu studo.La plimulto de specimenoj estis de kuracaj centroj (118/164 = 72%), dum la ceteraj 46 (28%) partoprenantoj estis de ne-traktaj centroj.Inter partoprenantoj ne traktitaj en la centro, 15 (9.1%) havis klinike suspektatajn kazojn kaj 31 (18.9%) havis kontaktojn de konfirmitaj kazoj.Naŭdek tri (56.7%) partoprenantoj estis viraj, kaj la averaĝa (± SD) aĝo de la partoprenantoj estis 31.10 (± 11.82) jaroj.
En ĉi tiu studo, pozitivaj kaj negativaj indicoj de kvar testoj por COVID-19 estis determinitaj.Tiel, la pozitivaj indicoj de la provo Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI kaj Sansure Biotech 2019-nCoV estis 59.1%, 58.5%, 57.9% kaj 55.5% respektive. .La pozitivaj kaj negativaj kunmetitaj referencnormoj (CRS) poentoj estis 97 (59.1%) kaj 67 (40.9%), respektive (Tablo 1).En ĉi tiu studo, la difino de CRS estis bazita sur la "iu pozitiva" regulo, per kio el kvar testrezultoj, du aŭ pli da testrezultoj kiuj donis la saman rezulton estis konsideritaj veraj pozitivaj aŭ negativaj.
En ĉi tiu studo, ni trovis negativan procentan interkonsenton (NPA) de 100% (95% CI 94.6-100) por ĉiuj analizoj kompare kun CRS.La Sansure Biotechnology-analizo montris minimuman PPA de 93.8% (95% CI 87.2-97.1) kaj la Daan Gene 2019-nCoV-analizo havis ĝeneralan interkonsenton de 99.4% (95% CI 96.6-99.9).Kontraste, ĝenerala interkonsento inter la SARS-CoV-2 BGI-analizo kaj la Sansure Biotech 2019-nCoV-analizo estis 98.8% kaj 96.3%, respektive (Tablo 2).
La kappa koeficiento de interkonsento de Cohen inter CRS kaj Abbott SARS-CoV-2 analizrezultoj estis plene konsekvenca (K = 1.00).Simile, la kappa-valoroj de Cohen detektitaj de Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI kaj Sansure Biotech 2019-nCoV ankaŭ estas plene kongruaj kun CRS (K ≥ 0.925).En ĉi tiu kompara analizo, la chi-kvadrata testo (McNemar-testo) montris, ke la rezultoj de la analizo Sansure Biotech 2019-nCoV estis signife malsamaj de la rezultoj de CRS (p = 0.031) (Tablo 2).
Kiel montrite en Fig.1 la procento de plej malalta Ct-valoro (< 20 Ct) de Abbott SARS-CoV-2-analizo (kombinita RdRp kaj N-geno) estis 87.6% kaj ORF1a/b-gena Ct-valoro de Sansure Biotech 2019-nCoV-analizo montris, ke la procento de malalta. Ct-valoro (< 20 Ct) estis 50.3% kaj la alta Ct-valoro (36-40 Ct) estis 3.2%. 1 la procento de plej malalta Ct-valoro (< 20 Ct) de Abbott SARS-CoV-2-analizo (kombinita RdRp kaj N-geno) estis 87.6% kaj ORF1a/b-gena Ct-valoro de Sansure Biotech 2019-nCoV-analizo montris, ke la procento de malalta. Ct-valoro (< 20 Ct) estis 50.3% kaj la alta Ct-valoro (36-40 Ct) estis 3.2%.Kiel montrite en Fig.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло 3,2%. 1, la procento de la plej malalta Ct-valoro (< 20 Ct) analizo de Abbott SARS-CoV-2 (kombinita geno RdRp kaj N) estis 87.6%, kaj la Ct-valoro de ORF1a/b gena analizo de Sansure Biotech 2019-nCoV montris. ke la procento de malalta Ct-valoro (< 20 Ct) konsistigis 50,3%, kaj alta valoro Ct (36–40 Ct) konsistigis 3,2%.如 图 1 所 示 ， Abbott sars-cov-2 检测 （结合 rdrp 和 n 基因） 的 最 低 ct 值 百分比 （<20 ct） 为 87,6%， sansure biotech 2019-NCOV 检测 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 的 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因 基因值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为3.2%。 Kiel montrite en Figuro 1, la plej malalta Ct-valora procento (< 20 Ct) de Abbott SARS-CoV-2-testo (kombino de RdRp kaj N-geno) estas 87.6%, la ORF1a/b-gena Ct-valoro de Sansure Biotech 2019-nCoV-testo. montras malaltan Ct值(< 20 Ct) 的-procenton estas 50,3%, 高Ct 值(36–40 Ct) 的-procento estas 3,2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное значение Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019 - Анализ nCoV показал низкий Ct. Kiel montrite en Figuro 1, la analizo Abbott SARS-CoV-2 (kombinanta la RdRp kaj N-genojn) havis la plej malaltan procentan Ct-valoron (< 20 Ct) ĉe 87.6%, dum la Ct-valoro de la ORF1a/b-geno en la Sansure. Biotech 2019-studo - La analizo de nCoV montris malaltan Ct. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил%. La procento de valoroj (< 20 Ct) estis 50.3%, kaj la procento de altaj Ct-valoroj (36-40 Ct) estis 3.2%.La Abbott SARS-CoV-2 B-testo registris Ct-valorojn super 30. Aliflanke, sur la BGI SARS-CoV-2-analizo ORF1a/b geno havis altan Ct-valoron (> 36 Ct) procento estis 4% (Fig. 1). Aliflanke, sur la BGI SARS-CoV-2-analizo ORF1a/b geno havis altan Ct-valoron (> 36 Ct) procento estis 4% (Fig. 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент ков кол 1 (> 36 Ct). Aliflanke, en la analizo de BGI SARS-CoV-2 geno ORF1a/b havis altan Ct-valoron (> 36 Ct), kies procento estis 4% (Fig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分比一分比一帛%（4 Aliflanke, en BGI SARS-CoV-2-detekto, la procento de ORF1a/b geno kun alta Ct-valoro (>36 Ct) estas 4% (Figuro 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) сос 1 (>36 Ct) сос. Aliflanke, en la analizo de BGI SARS-CoV-2, la procento de ORF1a/b-genoj kun altaj Ct-valoroj (>36 Ct) estis 4% (Fig. 1).
En ĉi tiu studo, ni prenis 164 nazofaringajn specimenojn.Por ĉiuj specoj de analizoj, RNA-izolado kaj plifortigo estis faritaj per la metodoj kaj ilaroj rekomenditaj de la respektivaj produktantoj.
Ĉi tiu studo pruvis, ke la testo de Abbott pri SARS-CoV-2 havas la saman detektan agadon kiel CRS, kun 100% pozitiva, negativa kaj ĝenerala konkordo.La kappa interkonsento de Cohen estas 1.00, indikante plenan interkonsenton kun CRS.Simila studo de la Vaŝingtona Universitato en Usono trovis, ke la totala sentemo kaj specifeco de la Abbott-testo por SARS-CoV-2 estis 93% kaj 100%, respektive, kompare kun la laboratorio-determinita analizo (LDA) de la CDC. .11. La sistemo de detekto de Abbott SARS-CoV-2 baziĝas sur la samtempa kombinita detekto de la genoj N kaj RdRp, ĉar ambaŭ genoj estas pli sentemaj, minimumigante falsajn negativajn12.Studo en Vieno, Aŭstrio ankaŭ montris, ke grandaj ekstraktaj specimenaj volumoj kaj detektaj eluvvolumoj minimumigis diluajn efikojn kaj pliigis detektefikecon13.Tiel, la perfekta kongruo de Abbott por la analizo SARS-CoV-2 povas esti asociita kun platforma detekta sistemo, kiu samtempe detektas kombinecajn genojn, ĉerpas grandan nombron da specimenoj (0,5 ml), kaj uzas grandan kvanton da eluvaĵo (40 µl).
Niaj rezultoj ankaŭ montris, ke la detekta agado de la Daan-genetika testo estis preskaŭ la sama kiel tiu de CRS.Ĉi tio kongruas kun studo14 farita en Universitato Anhui en Huainan, Ĉinio, kaj la aserto de la fabrikanto pri 100% pozitiva interkonsento.Malgraŭ raportoj pri konsekvencaj rezultoj, unu specimeno estis falsa negativa post retestado de la sama eluato, sed estis pozitiva en la provoj de Abbott SARS-CoV-2 kaj Sansure Biotech nCoV-2019.Tio indikas ke povas ekzisti ŝanĝebleco en rezultoj trans malsamaj specoj de analizoj. Tamen, en la studo farita en Ĉinio15, la rezulto de la Daan Gene-analizo estis signife malsama (p < 0.05) kompare kun ilia laboratori-difinita referenca analizo. Tamen, en la studo farita en Ĉinio15, la rezulto de la Daan Gene-analizo estis signife malsama (p < 0.05) kompare kun ilia laboratori-difinita referenca analizo. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) от их лабораторного эталонного анализа. Tamen, en studo en Ĉinio15, la analizrezulto de Daan Gene estis signife malsama (p < 0.05) de ilia laboratoria referenca analizo.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义实验室定义的变怷实验室定义的昜放放放放叉放放的昝放叉然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的嘀怷义的昝0. Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличались (p < 0,05) по сравнению с его эталонным лабораторным тестом. Tamen, en studo en Ĉinio15, la rezultoj de la genetika testo de Daan estis signife malsamaj (p < 0.05) kompare kun ĝia referenca laboratoriotesto.Ĉi tiu diferenco povas ŝuldiĝi al la sentemo de la referenca testo por detekti SARS-CoV-2, kaj pliaj studoj povas esti gravaj por determini la kaŭzon.
Krome, nia studo taksis la komparan agadon de la SARS-CoV-2 BGI-analizo kun CRS, montrante bonegan pozitivan elcentan interkonsenton (PPA = 97.9%), negativan elcentan interkonsenton (NPA = 100%), kaj ĝeneralan elcentan interkonsenton laŭ sekso ( OPA).).= 98,8%).La Kappa-valoroj de Cohen montris bonan interkonsenton (K = 0.975).Studoj en Nederlando16 kaj Ĉinio15 montris konsekvencajn rezultojn.La SARS-CoV-2 BGI-testo estas unugena (ORF1a/b) detekta testo uzanta 10 µl plifortigon/detekto-elvaton.Malgraŭ bona statistika interkonsento kun niaj referencrezultoj, la analizo maltrafis du pozitivajn specimenojn (1.22%) de la tuta specimeno.Ĉi tio povas havi enormajn klinikajn implicojn por dissenda dinamiko sur kaj la paciento kaj komunumniveloj.
Alia kompara analizo inkluzivita en ĉi tiu studo estis la Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) provo;la totala matĉoprocento estis 96.3%.La forto de interkonsento ankaŭ estis determinita per la Kappa valoro de la Cohen, kiu estis 0.925, indikante plenan interkonsenton kun la CRS.Denove, niaj rezultoj estas identaj al studoj faritaj en Centra Suda Universitato en Changsha, Ĉinio, kaj ĉe la Klinika Laboratorio-Sekcio de Liuzhou Popola Hospitalo, Liuzhou City, Ĉinio17. Kvankam la ĉi-supra bona statistika konkordo estis registrita, la chi-kvadrata testo (MacNemar-testo) montris, ke la rezulto de la Sansure Biotech-analizo havis statistike signifan diferencon kompare kun CRS (p < 0.005). Kvankam la ĉi-supra bona statistika konkordo estis registrita, la chi-kvadrata testo (MacNemar-testo) montris, ke la rezulto de la Sansure Biotech-analizo havis statistike signifan diferencon kompare kun CRS (p < 0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). Kvankam la bona statistika interkonsento supre estis registrita, la chi-kvadrata testo (McNemar-testo) montris, ke la rezulto de la Sansure Biotech-analizo havis statistike signifan diferencon kompare kun la CRS (p < 0.005).尽管 记录 了 上述 良好 的 统计 一致性 ， 但 卡方 检验 （Macnemar 检验） 表明 ， sansure biotech 检测 的 结果 与 crs 相比 具有 统计学 显着 差异 （p <0,005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致 性 ， 但 （（（Macnemar 检验 表明 ， ， sansure biotech 检测 结果 与 与 相比 具有 显着 （（p <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。）））） Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS. Malgraŭ la bona statistika interkonsento notita supre, la chi-kvadrata testo (McNemar-testo) montris statistike signifan diferencon (p <0.005) inter la Sansure Biotech-analizo kaj la CRS.Ses specimenoj (3.66%) estis trovitaj falsaj negativaj kompare kun CRS (Suplementa Tablo 1);tio estas tre grava, precipe pro la dinamiko de transdono de la viruso.La supraj datumoj ankaŭ subtenas ĉi tiun malaltan detekto-procenton15.
En ĉi tiu studo, Ct-valoroj estis determinitaj por ĉiu analizo kaj respektiva platformo, kun la plej malalta averaĝa Ct-valoro raportita en la provo de Abbott SARS-CoV-2.Ĉi tiu rezulto povas esti rilatita al la samtempa kombinita genetika testa sistemo de Abbott por la detekto de SARS-CoV-2.Tial, laŭ Figuro 1, 87.6% de Abbott SARS-CoV-2-rezultoj havis Ct-valorojn sub 20. Nur malgranda nombro da specimenaj rezultoj (12.4%) estis en la intervalo 20-30.Ct-valoroj super 30 ne estis registritaj.Krom la uzo de Abbott de la formato de genetika testado de panelo SARS-CoV-2, ĉi tiu rezulto povas rilati al la pli malalta detekta limo (32.5 RNA-kopioj/mL)18, kiu estas trioble pli malalta ol la pli malalta limo de la firmao de 100 RNA-kopioj. /mL.ml)19.
Ĉi tiu studo havas kelkajn limojn: unue, ni ne havas normajn/referencajn metodojn [kiel ekzemple virusŝarĝo aŭ aliaj laboratoriotestoj (LDA)] pro manko de rimedoj.Due, ĉiuj specimenoj uzataj en ĉi tiu studo estis nazofaringaj swaboj, dum la rezultoj ne estis aplikeblaj al aliaj specimenaj specoj, kaj trie, nia specimena grandeco estis malgranda.
Ĉi tiu studo komparis la agadon de kvar rRT-PCR-analizoj por SARS-CoV-2 uzante nazofaringajn specimenojn.Ĉiuj detektaloj havis preskaŭ kompareblan efikecon, kun la escepto de la Sansure Biotech-analizo. Krome, la malalta pozitiva indico estis identigita en la Sansure Biotech-analizo kompare kun la CRS (p < 0.05). Krome, la malalta pozitiva indico estis identigita en la Sansure Biotech-analizo kompare kun la CRS (p < 0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по срав нсний процент положительных результатов по срав нсни 5 (CRS). Krome, la Sansure Biotech-testo montris malaltan procenton de pozitivaj rezultoj kompare kun CRS (p < 0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по срав не,5 (CRS,5). Krome, la Sansure Biotech-analizo havis pli malaltan pozitivan indicon kompare kun CRS (p < 0.05).La Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) analizo de PPA, NPA kaj ĝenerala interkonsento superis 93.5% kun Cohen Kappa-forto de interkonsento-valoro de 0.925.Fine, la Sansure Biotech Assay (RUO) bezonas plian validigon por uzo en Etiopio, kaj plia esplorado devus esti konsiderata por taksi asertojn de individuaj produktantoj.
Kompara studdezajno estis farita ĉe kvar saninstalaĵoj en Adis-Abebo, Eka Kotebe Hospital, Millennium Church Treatment Centre, Zewooditu Memorial Hospital, kaj Tuberculosis Specialist Hospital de St.La datumoj estis kolektitaj inter decembro 1 kaj 31, 2020. La medicinaj instalaĵoj por ĉi tiu studo estis celkonscie elektitaj surbaze de sia alta nombro da kazoj kaj la havebleco de ĉefaj kuracaj centroj en la urbo.Simile, instrumentoj, inkluzive de la realtempaj PCR-instrumentoj ABI 7500 kaj Abbott m2000, estis elektitaj laŭ la rekomendoj de la NAAT-reakciiloj, kaj kvar PCR-detektaj ilaroj estis elektitaj por ĉi tiu studo, ĉar la plej multaj laboratorioj en Etiopio uzis almenaŭ almenaŭ. kvar el ili.Gentesto, Abbott SARS-CoV-2-testo, Sansure Biotech-testo kaj SARS-CoV-2 BGI-testo farita dum la studo).
Testado pri SARS-CoV-2 estis farita de la 1-a ĝis la 30-a de decembro 2020 uzante 3 ml da Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Ĉinio) de individuoj enketitaj pri COVID-19 raportitaj al EPHI.Nazofaringaj provaĵoj estis kolektitaj fare de edukitaj provaĵkolektantoj kaj senditaj al EPHI en trioblaj pakoj.Antaŭ izolado de nuklea acido, ĉiu provaĵo ricevas unikan identigan nombron.Eltiro estas farita de ĉiu specimeno tuj post alveno uzante manajn kaj aŭtomatajn eltirajn metodojn.Tiel, por la aŭtomata eltiro de Abbott m2000, 1.3 ml (inkluzive de 0.8 ml morta volumeno kaj 0.5 ml eltira enirvolumo) de la provaĵo estis ĉerpitaj de ĉiu provaĵo kaj pasitaj tra la Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, Usono).) Aro de 96 [92 specimenoj, du detektaj kontroloj kaj du ne-ŝablonaj kontroloj (NTC)] estis inkluzivita en la ĝenerala procezo (rehavigo kaj detekto) de du ĉirkaŭvojoj de SARS-CoV-2 (EUA) en reala tempo.Minado.Simile, por mana eltiro, uzu la samajn specimenojn (por aŭtomata eltiro kaj malkovro).Tiel, dum la tuta procezo, 140 µl-specimenoj estis alikvotitaj kaj ĉerpitaj uzante la QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Germanio) en aroj de 24 (inkluzive de 20 specimenoj, du analizkontroloj kaj du NTCoj) dum naŭ ĉirkaŭvojoj.Mane ĉerpitaj eluatoj estis plifortigitaj kaj detektitaj per termika ciklilo ABI 7500 per SARS-CoV-2 BGI-analizo, Daan Gene-analizo kaj Sansure Biotech-analizo.
Aŭtomatigita izolado kaj purigo de SARS-CoV-2-virusa RNA sekvas la principon de magneta bido uzante Abbott DNA-specimplajn preparreakcilojn.Malaktivigo de specimenoj kaj solviĝo de viruspartikloj estas efektivigitaj per lesivo enhavanta guanidinizotiocianaton por denaturigi la proteinon kaj malaktivigi RNazon.La RNA estas tiam apartigita de la proteino per solidfaza apartigo uzante silicoksidon, t.e. la guanidinia salo kaj la alkala pH de la liza bufro antaŭenigas ligon de la nukleaj acidoj al la silicoksido (SiO2).La lava paŝo forigas ceterajn proteinojn kaj derompaĵojn por produkti klaran solvon.Travidebla RNA estas izolita de silik-bazitaj mikropartikloj uzantaj la magnetan kampon de la instrumento20,21.Aliflanke, mana izolado kaj purigo de RNA estas aranĝitaj per la spinkolumna metodo uzante centrifugadon anstataŭ magneta stando kaj apartigo de mikropartikloj de la eluvaĵo.
La Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Detection Test (Abbott Molecular, Inc.) estis farita laŭ la instrukcioj de la fabrikanto, kiu ricevis EUA19,22 de la OMS kaj FDA.En ĉi tiu protokolo, specimena malaktivigo antaŭ eltiro estis farita en akvobano je 56 °C dum 30 min.Post malaktivigo de viruso, nukleacida eltiro estis farita sur Abbott m2000 SP-instrumento de 0.5 ml VTM uzante Abbott m2000 DNA-provaĵsistemon preparsistemon.laŭ la fabrikanto.Plifortigo kaj detekto estis faritaj per Abbott m2000 RT-PCR-instrumento, kaj duobla detekto estis farita por la RdRp kaj N-genoj.ROX) kaj VIC P (proprieta tinkturo) por celado kaj detekto de internaj kontroloj, permesante samtempan detekton de ambaŭ plifortigaj produktoj 19 .
La plifortiga detekta metodo de ĉi tiu ilaro baziĝas sur unupaŝa RT-PCR-teknologio.La ORF1a/b kaj N-genoj estis elektitaj kiel konservitaj regionoj fare de Daan Gene Technology por detekti celregionan plifortigon.Specifaj enketoj kaj fluoreskaj enketoj (N-genenketoj etikeditaj kun FAM, ORF1a/b-enketoj etikeditaj kun VIC) estis dizajnitaj por detekti SARS-CoV-2 RNA en provaĵoj.La fina eluvaĵo kaj majstraj miksaĵoj estis preparitaj aldonante 5 µl da eluvaĵo al 20 µl da la majstra miksaĵo al fina volumeno de 25 µl.Plifortigo kaj detekto estis faritaj samtempe sur realtempa PCR-instrumento ABI 750024.
La ORF1a/b kaj N-genoj estis detektitaj per la Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (fluoreska PCR-detekto).Preparu specifajn enketojn por ĉiu celgeno elektante la FAM-kanalon por la ORF1a/b-regiono kaj la ROX-kanalo por la N-geno.Al ĉi tiu analizo ilaro, eluvaĵo kaj majstra miksaĵo reakciiloj estas aldonitaj jene: preparu 30 µl majstran miksaĵreakciilon kaj 20 µl eluzitan specimenon por detekto/plifortigo.Realtempa PCR ABI 750025 estis uzita por plifortigo/detekto.
La SARS-CoV-2 BGI-testo estas fluoreska realtempa rRT-PCR-ilaro por la diagnozo de COVID-19.La celregiono situas en la ORF1a/b regiono de la SARS-CoV-2-genaro, kio estas ununura gena detektometodo.Krome, la homa mastruma geno β-aktino estas interne reguligita celgeno.La majstra miksaĵo estas preparita miksante 20 µl de la majstra miksaĵo-reakciilo kaj 10 µl de la ĉerpita RNA-provaĵo en putoplato26.ABI 7500 fluoreska kvanta realtempa PCR-instrumento estis uzita por plifortigo kaj detekto.Ĉiuj nukleaj acidaj plifortigo, PCR-kuradkondiĉoj por ĉiu analizo kaj interpreto de rezultoj estis faritaj laŭ la instrukcioj de la respektiva fabrikanto (Tabelo 3).
En ĉi tiu kompara analizo, ni ne uzis la referencan norman metodon por determini procentan interkonsenton (pozitivan, negativan kaj entute) kaj aliajn komparajn parametrojn por la kvar analizoj.Ĉiu testa komparo estis farita kun CRS, en ĉi tiu studo la CRS estis fiksita per la regulo "iu pozitiva" kaj la rezulto estis determinita, ne per ununura testo, ni uzis almenaŭ du kongruajn testrezultojn.Krome, en la kazo de transdono de COVID-19, falsaj negativaj rezultoj estas pli danĝeraj ol falsaj pozitivaj rezultoj.Tial, por diri "pozitiva" kiel eble plej precize de CRS-rezulto, almenaŭ du analiztestoj devas esti pozitivaj, signifante ke almenaŭ unu pozitiva rezulto verŝajne venas de EUA-analizo.Tiel, el kvar testrezultoj, du aŭ pli da testrezultoj, kiuj donas la saman rezulton, estas konsiderataj veraj pozitivaj aŭ negativaj18,27.
Datenoj estis kolektitaj per strukturitaj datumoj eltiraj formoj, datumoj eniro kaj analizo estis faritaj per Excel-statistika programaro kaj SPSS-versio 23.0 por priskriba statistiko.Pozitiva, negativa kaj totala procenta interkonsento estis analizita, kaj Kappa-poentaro estis uzata por determini la gradon de interkonsento de ĉiu metodo kun CRS.Kappa-valoroj estas interpretataj jene: 0,01 ĝis 0,20 por milda interkonsento, 0,21 ĝis 0,40 por ĝenerala interkonsento, 0,41-0,60 por modera interkonsento, 0,61-0,80 por grava interkonsento kaj 0,81-0,99 por kompleta interkonsento28.
Etika permeso estis akirita de la Universitato de Adis-Abebo kaj ĉiuj eksperimentaj protokoloj por ĉi tiu studo estis aprobitaj de la Scienca Etika Revizio-Estraro de la Etiopa Public Health Institute.La referenca numero por la EPHI-Etika Licenco estas EPHI/IRB-279-2020.Ĉiuj metodoj estis aplikataj laŭ la rekomendoj kaj dispozicioj de la Etiopaj Naciaj Ampleksaj Gvidlinioj por la Traktado de COVID-19.Krome, skriba informita konsento estis akirita de ĉiuj studpartoprenantoj antaŭ partopreno en la studo.
Ĉiuj datumoj akiritaj aŭ analizitaj en ĉi tiu studo estas inkluzivitaj en ĉi tiu publikigita artikolo.Datumoj subtenantaj la rezultojn de ĉi tiu studo estas haveblaj de la respektiva aŭtoro laŭ akceptebla peto.
Monda Organizaĵo pri Sano.Rekomendoj por Laboratoriaj Testaj Strategioj por COVID-19: Intertempa Gvidilo, 21-a de marto 2020 N-ro WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI-COVID-19 inteligenta diagnozo en la Krizministerio: Ĉia en Praktiko. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI-COVID-19 inteligenta diagnozo en la Krizministerio: Ĉia en Praktiko.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. kaj Gurgulianis, KI Inteligenta diagnozo de COVID-19 en la sukurejo: ĉio en praktiko.Muliou DS, Pantazopoulos I. kaj Gurgulyanis KI Inteligenta diagnozo de COVID-19 en sukurejoj: fin-al-fina integriĝo en praktiko.Sperta Pastoro Respire.medikamento.3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluation of the COVID19 ID NOW EUA assay. Mitchell, SL & St George, K. Evaluation of the COVID19 ID NOW EUA assay.Mitchell, SL kaj St. George, K. Evaluation of the COVID19 ID NOW EUA assay.Mitchell SL kaj St. George K. Evaluation of the COVID19 ID NOW EUA-asay.J. Klinika.Viruso.128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
KIU.Laboratoria detekto de koronavirus-malsano 2019 (COVID-19) en suspektata homa malsano.https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (alirita la 15-an de aŭgusto 2020) (OMS, 2020).
Udugama, B. et al.Diagnozo de COVID-19: Malsanoj kaj Testaj Iloj.ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al.Establado de la Kolegio de Patologoj de Orienta, Centra kaj Suda Afriko - Regiona Lernejo de Patologio de la Proksima Oriento kaj Sudafriko.Afriko.J. Lab.medikamento.9 (1), 1-8 (2020).
Etiopa Instituto de Publika Sano, Federacia Sanministerio.Provizora Nacia Strategio kaj Gvido por Laboratoria Diagnozo de COVID-19.https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (alirita la 12an de aŭgusto 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falsaj negativaj testoj por SARS-CoV-2-infektaj defioj kaj implicoj. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falsaj negativaj testoj por SARS-CoV-2-infektaj defioj kaj implicoj.Voloshin S., Patel N. kaj Kesselheim AS Fals-negativaj testoj por SARS-CoV-2-infektoj kaj iliaj sekvoj.Voloshin S., Patel N. kaj Kesselheim AS Fals-negativaj testoj por provoko kaj la efiko de SARS-CoV-2-infekto.N. eng.J. Medicino.383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falspozitivaj kaj malverenegativaj COVID-19-kazoj: Spiraj preventaj kaj administradaj strategioj, vakcinado kaj pliaj perspektivoj. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falspozitivaj kaj malverenegativaj COVID-19-kazoj: Spiraj preventaj kaj administradaj strategioj, vakcinado kaj pliaj perspektivoj. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falsaj pozitivaj kaj falsaj negativaj kazoj de COVID-19: spiraj preventaj kaj kuracaj strategioj, vakcinado kaj la vojo antaŭen.Muliu, DS kaj Gurgulianis, KI Falspozitivaj kaj malverenegativaj kazoj de COVID-19: strategioj por spira antaŭzorgo kaj kuracado, vakcinado kaj la vojo antaŭen.Sperta Pastoro Respire.medikamento.15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-diagnozo en la sukurejo: Vidante la arbon sed perdante la arbaron. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19-diagnozo en la sukurejo: Vidante la arbon sed perdante la arbaron.Mouliou, DS, Ioannis, P. kaj Konstantinos, G. COVID-19 Diagnosis in the Emergency Department: See the Tree, Lose the Forest.Muliou DS, Ioannis P., kaj Konstantinos G. COVID-19 Diagnosis in Emergency Rooms: Not Enough Forest for the Trees.Aperi.medikamento.J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al.Valumado kaj Valumado de la Analiza kaj Klinika Agado de la Abbott RealTime SARS-CoV-2 Assay.J. Klinika.Viruso.129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Komparo kvin komencaj aroj de malsama genarregiono de COVID-19 por detekto de virusinfekto per konvencia RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Komparo de kvin komencaj aroj de malsamaj genarregionoj de COVID-19 por detekto de virusinfekto per konvencia RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. kaj Aflatunyan, B. Komparo de kvin aroj de enkondukoj de malsamaj regionoj de la COVID-19-genaro por detekto de virusinfekto per konvencia RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自COVID-19 不同基因组区域的五一域的五个域的五个域的五个域的五个域的五个开浄五个域的五个开浄五个域的五七 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Komparo de 5 malsamaj genetikaj regionoj de COVID-19 por detekto de virusinfekto per konvencia RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. kaj Aflatunyan B. Komparo de kvin aroj de enkondukoj de malsamaj regionoj de la COVID-19-genaro por detekto de virusinfekto per konvencia RT-PCR.Irano.J. Mikrobiologio.12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al.Preparaj rezultoj de la nacia ekstera kvalita taksa programo por la detekto de SARS-CoV-2 genomsekvencoj.J. Klinika.Viruso.129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al.Analiza Taksado de la Efikeco de Kvin RT-PCR Ilaroj por Severa Akuta Spira Sindromo Coronavirus 2. J. Clinical.laboratorio.anuso.35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al.Taksado de sep komerce haveblaj SARS-CoV-2 RNA-detektaj ilaroj en Ĉinio bazitaj sur realtempa polimeraza ĉena reago (PCR).klinika.Kemiaĵo.laboratorio.medikamento.58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al.Komparo de sep komercaj diagnozaj ilaroj de RT-PCR COVID-19.J. Klinika.Viruso.128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al.Komparo de diagnoza agado de du PCR-kompletoj por la detekto de SARS-CoV-2 nukleaj acidoj.J. Klinika.laboratorio.anuso.34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, ktp. Komparata studo de kvar platformoj de testoj pri amplifado de nukleaj acidaj SARS-CoV-2 (NAAT) montris, ke ID NOW-agado estis signife degradita depende de paciento kaj specimena tipo.diagnozo.mikrobiologio.Infekti.diss.99(1), 115200 (2021).
Abbott-molekulo.Abbott realtempa analizo SARS-CoV-2 pakaĵo.https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay.1-12.(De la 10-a de aŭgusto 2020) (2020).
Klein, S. et al.SARS-CoV-2 RNA-izolado uzante magnetajn bidojn por rapida grandskala detekto per RT-qPCR kaj RT-LAMP.Viruso 12(8), 863 (2020).